〔붙 임 : 참고자료〕

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

당원은 부가가치세법 제12조 제1항 제4호에 의거 부가가치세가 면제되는 의료보건용역업으로서 건강진단업무를 대행업으로 하는 의원입니다.

당원과 업무계약을 체결한 보험회사에서 당원으로 보험가입 희망자의 보험가입적부심사를 위한 건강진단을 의뢰하면, 당원에서는 해당 보험가입희망자의 주거지 혹은 희망 장소로 외주용역계약한 간호사를 파견하여 보험계약 전 알릴 의무사항 고지 수령과 함께 혈압측정, 소변검사 및 채혈(혈액검사) 등의 방문건강진단업무를 수행함.

방문간호사가 수집하여 보고한 혈액, 문진자료 등의 건강진단자료를 당원에서 분석하여 그 건강진단결과를 해당 보험회사에 통보하고, 매월 보험회사와 당사간의 업무정산을 통하여 해당 월의 대가를 청구하여 익월 중에 수취함.

○ 질의내용

공급자(당원)의 계산서 교부시기가 공급받는 자(보험회사)의 원천징수시기 보다 빠른 경우 계산서를 교부하고 원천징수하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정)

3. 대통령령이 정하는 사업소득에 대한 수입금액 (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 제144조 【사업소득에 대한 원천징수의 방법과 원천징수영수증의 교부】

① 원천징수의무자가 대통령령이 정하는 사업소득에 대한 수입금액을 지급하는 때에는 그 지급금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다. (1994. 12. 22. 개정)

② 대통령령이 정하는 사업소득에 대한 수입금액을 지급하는 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업소득에 대한 수입금액을 지급하는 때에 그 수입금액 기타 필요한 사항을 기재한 원천징수영수증을 그 받는 자에게 교부하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 시행령 제184조 【원천징수대상 사업소득의 범위】

① 법 제127조 제1항 제3호ㆍ법 제129조 제1항 제3호ㆍ법 제144조 제1항 및 제2항과 법 제164조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 사업소득”이란 「부가가치세법」 제12조 제1항 제4호 및 동항 제13호에 따른 용역의 공급에서 발생하는 소득을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 제외한다. (2007. 2. 28. 개정)

1. 「부가가치세법 시행령」 제29조 제4호에 따른 조제용역의 공급으로 발생하는 사업소득 중 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 의약품가격이 차지하는 비율에 상당하는 소득 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

2. 「부가가치세법 시행령」 제35조 제1호 바목에 따른 용역의 공급으로 발생하는 소득 (2007. 2. 28. 개정)

③ 법 제127조 제8항의 규정에 의하여 사업소득의 수입금액에 대한 소득세를 원천징수하여야 할 자는 다음 각호의 자로 한다. (2007. 2. 28. 항번개정)

1. 법 제28조 제1항에 규정하는 사업자

2. 법인세의 납세의무자

3. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합

4. 「민법」 기타 법률에 의하여 설립된 법인 (2005. 2. 19. 개정)

5. 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 (2005. 2. 19. 개정)

○ 소득세법 제163조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 제168조의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산서 또는 영수증(이하“계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. (2001. 12. 31. 개정)

○ 소득세법 시행령 제211조 【계산서의 작성ㆍ교부】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭

3. 공급가액

4. 작성연월일 (1996. 12. 31. 개정)

5. 기타 참고사항

⑤ 사업자가 법 제144조의 규정에 의하여 용역을 공급받는 자로부터 원천징수영수증을 교부받는 것에 대하여는 제1항의 규정에 의한 계산서를 교부한 것으로 본다. (1999. 12. 31. 항번개정)

○ 소득세법 시행령 제48조 【사업소득의 수입시기】

사업소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.

8. 인적용역의 제공 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

용역대가를 지급받기로 한 날 또는 용역의 제공을 완료한 날 중 빠른 날. 다만, 연예인 및 직업운동선수 등이 계약기간 1년을 초과하는 일신전속계약에 대한 대가를 일시에 받는 경우에는 계약기간에 따라 해당 대가를 균등하게 안분한 금액을 각 과세기간 종료일에 수입한 것으로 하며, 월수의 계산은 역(曆)에 따라 계산하되 15일 이상의 일수는 1개월로 한다. 이 경우 계산방법 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 (1980. 12. 13. 개정)

13. 저술가ㆍ작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역 (1998. 12. 28. 개정)

○ 부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】

법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(「의료법」 또는 「수의사법」의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. (2008. 2. 22. 개정)

1. 「의료법」에 규정하는 의사ㆍ치과의사ㆍ한의사ㆍ조산사 또는 간호사가 제공하는 용역 (2006. 2. 9. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

○ 서면1팀-962, 2005.08.16

【제목】

원천징수대상 사업소득의 수입금액을 지급하는 자가 면세되는 인적용역의 대가를 지급할 때 원천징수영수증을 교부하는 것은 소득세법상 계산서를 교부한 것으로 보는 것임

【질의】

ｏ 본인은 부가가치세 일반사업자로 면세업종(서비스/번역, 통역)과 겸업을 하고 있으며 이제까지 수년간 정부기관에 번역 및 통역업무를 하고 계산서를 발행하여 왔음.

ｏ 그런데 갑자기 정부기관에서 일반사업자로 등록되어 있다고 하여 세금계산서를 요구하고 있어 다음의 사항을 질의함.

- 부가가치세법 제12조 제1항 제13호의 규정에 의한 면세용역에 대해 계산서를 발행하는 것이 잘못된 것인지.

【회신】

귀 질의의 과세ㆍ면세 겸업자가 부가가치세법 시행령 제35조의 인적용역의 범위에 해당하는 면세되는 용역을 공급하는 경우 소득세법 제163조 제1항의 규정에 의한 계산서를 교부하여야 하는 것이나, 소득세법 시행령 제184조의 규정에 의한 원천징수대상 사업소득의 수입금액을 지급하는 자가 면세되는 인적용역의 대가를 지급할 때 같은법 제144조의 규정에 의하여 용역을 공급받는 자로부터 원천징수영수증을 교부받는 것에 대하여는 소득세법 제163조 제1항의 규정에 의한 계산서를 교부한 것으로 보는 것임.

○ 서이46013-11831, 2002.10.07

【제목】

업무상 재해 직원의 산재보험제외로 회사가 의료비 지급시 지급방법에 관계없이 원천징수대상 사업소득(의료보건용역)으로서, 의료기관(개인, 법인)별 원천징수 및 계산서 수수 방법

【질의】

회사가 업무상 재해직원에 대한 산재보험 적용기준을 벗어난 근로자 본임부담 치료비를 다음 ①, ②와 같은 방법으로 지급하는 경우 근로자의 근로소득 및 의료기관의 사업소득(의료보건용역)에 대한 소득세 원천징수 여부

- 의료비 지급방법

① 회사지정 의료기관에서 치료받은 경우 회사가 당해 지정의료기관에 직접 정산하는 경우

② 환자가 진료비를 부담한 후 의료기관 발행 영수증 및 내역서를 회사에 제출하면 회사에서 당해 근로자에게 의료비 지급

【회신】

업무상 재해 직원의 산재보험적용기준 제외로 회사가 부담하는 의료비 지급액은 의료보건용역에 해당하여 지급방법에 관계없이 의료비 지급시 사업소득으로 원천징수하는 것이며

- 의료기관이 법인인 경우

법인은 사업소득세 납부의무가 없어 원천징수없이 해당 의료법인으로부터 계산서를 교부받아야 하는 것이고

- 의료기관이 개인인 경우

의료보건용역에 해당하여 사업소득으로 원천징수하고 해당 의료기관으로부터 계산서를 교부받아야 하는 것이나 소득세법시행령 제211조 제5항에 따라 원천징수영수증을 교부받은 경우에는 계산서를 교부한 것으로 보는 것임.