출처 : 국세청

질의

일회성으로 현재 재임중인 교수님께서 타업체의 Project를 진행중에 있습니다. 이경우 소득구분에 대한 원천징수처리를 어떻게 해야하는지 궁금합니다.

현재 학교에 재직중이기에 근로소득은 불가하고 사업소득 , 기타소득 , 일용직중에서 소득구분에 대하여 알려주시기 바랍니다.

답변

교수 등의 연구용역소득의 소득세 신고

대학 및 대학의 교수가 산학협동의 일환으로 외부에서 연구용역을 의뢰받고 연구용역을 제공하면서 그 대가를 받은 경우 이는 연구용역비로서 연구계약의 주체, 용역비의 귀속에 따라 납세의무자가 정해지고 납세의무도 차이가 있다.

연구용역비에 대한 요약(대학교수 등)

과 세 대 상 자		과세대상소득 및 과세방법
연구주관단체		외부와의 계약에 의하여 대가를 받는 연구용역은 모두 상업적 연구개발업으로 과세대상임.
대학교	국 공립	국가 또는 지방자치단체에 해당 납세의무 없음  ※ 원천징수 지급조서제출 등 납세협력의무 있음.
	사    립	학교법인의 수익사업에 포함 법인세 과세
부  설 연구소	중앙관리	대학이 연구주체가 되어 연구비를 중앙관리하는 경우   → 연구소 자체수입이 없으므로 과세문제 발생 아니함.
	개별관리	연구소가 연구비를 독립적으로 개별관리하는 경우   → 법인격 유무에 따라 법인세 또는 소득세 과세
교수 등  개인		상업적 비상업적 구분없이 소득세 과세
교수 등 책임연구원	중앙관리	교수에게 귀속되는 연구활동비등은 기타소득으로 과세
	개별관리	연구비 수령액 총액에 대하여 사업소득세 과세 ※ 사업자등록 및 장부의 비치기장의무, 계산서 교부의무 등 있음
연구보조원	고용관계가 있는 경우	연구목적의 고용관계가 있는 경우 근로소득 과세
	고용관계가 없는 경우	기타소득으로 과세
납세협력의무		연구비를 지급하는 기업 대학 연구소 교수 등   ※ 납세협력의무 미이행시 가산세 부과
원천징수 및 지급조서제출	기업 등	연구용역계약에 의해 개인에게 대가를 지급시  지급받는자의 소득에 따라 원천징수등 의무있음
	대학교 및 연구소 등	교수 및 연구원 등에게 연구활동비 및 인건비등을 지급시 원천징수 및 지급조서 제출의무 있음
계산서교부등	연구용역 제공주체	계약에 의하여 연구용역을 제공하고 그 대가를 받는 대학 연구소 사업소득 과세대상 교수는 계산서의 작성 교부 및 매입매출처별 합계표 제출의무 있음.

가. 대학 및 연구소에 대한 과세

1) 대학교에 대한 과세

대학교가 자기 책임아래 기업 등 외부와 연구개발용역제공 계약을 체결하고 그에 대한 대가를 수령하는 경우 학교법인의 수익사업에 포함하여 법인세를 과세함.(「법인세법」 3조 ①항 1호)

 - 다만, 국 공립대학(대학 조직의 일부로 보는 법정연구소 포함)은 국가 또는 지방자치단체에 해당하므로 법인세 납세의무가 없음.(「법인세법」 2조 ③항)

가) 중앙관리(대학이 연구주체가 되어 연구비를 직접 관리하는 경우)

  대학이 연구용역계약을 체결하고 외부로부터 받는 연구비총액이 수익사업의 수입금액임.

- 연구비를 대학교에서 「중앙관리」하는 경우   대학이 주체가 되어 총 학장명의로 계약을 체결하고 받은 연구용역대가를 예산에 편입한 후 연구비 지출을 교수등이 제출한 연구비실행예산서 또는 구매요구서에 의하여 대학이 직접 집행 정산하는 제도   ※ 국립대학의 경우 예산에 준하여 대학이 건별로 집행 관리

나) 개별관리(교수등 개인이 연구주체가 되어 연구비를 관리하는 경우)

  - 연구용역대가를 대학이 받아 연구소에게 인계하는 경우

    연구비수령액 총액은 수익사업의 수입금액임.

    * 대학에서 연구발전기금등 연구간접경비(overhead cost)로 공제하고 연구소에 인계하는 금액은 손금산입

  - 연구용역대가를 교수등이 받아 일정액을 대학에 납부하는 경우

    대학이 징수하는 연구간접경비가 수익사업의 수입금액임.

- 연구비를 교수등 연구소에서 「개별관리」하는 경우   대학이 받은 연구용역대가에서 5~20％의 연구간접경비를 공제하고 교수등 연구원에게 지급한 후 연구비의 관리는 교수등 연구소의 책임연구원이 대학과 관계없이 독립적으로 집행 정산하는 제도 ※ 교수 등이 연구비를 직접 수령하여 대학에 일정액의 연구간접경비를 납부하고 연구비를 직접 집행관리하는 경우 포함.

2) 연구소에 대한 과세

대학이 연구용역의 주체가 되어 연구비를 중앙관리하지 아니하고 교수 개인이 연구비를 직접 관리하는 경우 과세문제가 발생함.

가) 법인으로 보는 연구소

- 대학으로부터 받는 연구비를 수익사업의 수입으로 보아 법인세 과세

  * 기업으로부터 직접 받는 경우 총액을 수입으로 계상하고 대학에 납부하는 연구간접경비는 비용으로 처리

나) 법인으로 보지 아니하는 임의단체인 연구소

- 책임연구원인 교수 개인에게 소득세(사업소득)를 과세하는 것이나, 책임연구원이 다수인 경우에는 다음과 같이 공동사업자 또는 1거주자로 과세

  1) 책임연구원간에 이익의 분배방법이 정하여진 경우 : 개인공동사업자로 보아 과세

     * 연구소 구성원별로 종합소득세 신고 납부의무 있음.

  2) 이익의 분배방법이 없는 경우 : 연구소를 1거주자로 보아 과세

     * 연구소 구성원에 대한 종합소득세 신고 납부의무 없음.

나. 교수 등 개인에 대한 소득세 과세

교수 등이 독립된 자격으로 연구용역을 제공하고 받는 대가는 그 재원이 어디에 있는 지에 관계없이 소득세 과세

1) 대학이 연구주체가 되어 연구비를 직접 관리하는 경우(중앙관리)

- 교수가 연구용역 제공의 대가로 받는 금액(고용관계에 따른 근로제공과 관련 없이 외부에 제공하는 연구용역대가)

   ⇒ 연구활동비 연구수당 등 명칭여하에 불구하고 기타소득으로 과세

     ※ 교육부 학술진흥재단 과학재단 등에서 지원받는 연구비 포함.

- 연구목적의 고용관계 없는 연구보조원등이 받는 연구비

   ⇒ 연구소와 고용관계 없는 대학생 또는 다른 대학교 연구소 소속교수 등이 연구업무를 수행하고 받는 금액은 명칭여하에 불구하고 기타소득으로 과세

- 연구소에서 연구목적으로 고용한 연구원 등이 받는 인건비

   ⇒ 급여 수당 장학금 등 명칭여하에 불구하고 근로소득으로 과세

     ※ 지급자인 대학교의 원천징수 및 지급조서제출의무 있음.

     ※ 고용관계가 있는지 여부의 판단기준

- 업무에 대한 거부를 할 수 있는지, 시간적 장소적 제약을 받는지, 업무수행과정에서 구체적 지시를 받는지, 복무규정의 준수의무가 있는지에 따라 종합적으로 판단(소득46011-2004, 1996. 7. 12)

 2) 교수등 개인이 연구주체가 되어 연구비를 관리하는 경우(개별관리)

  교수 등이 받은 연구용역대가 총액을 사업소득으로 과세

 가) 대학이 연구계약을 체결하고 대가를 수령한 경우

  - 기업으로부터 받은 연구용역대가 총액에서 대학이 연구간접경비로 공제하고 교수에게 지급하는 금액이   사업소득 수입금액  임.

  나) 교수 개인이 연구계약을 체결하고 대가를 직접 수령한 경우

  - 기업으로부터 받은 연구용역대가 총액이   사업소득 수입금액  임.

  - 당해 교수는 사업장 관할 세무서에 별도의 사업자 등록을 하고

  - 장부의 비치 기장의무에 따라 기장한 내역과 증빙자료를 근거로 소득세를 신고 납부해야 하며

    ※ 기장없이 신고하는 경우 기준경비율 또는 단순경비율에 의해 과세

  - 계산서교부 및 매입매출처별합계표 제출의무가 있음. → 의무 불이행시 가산세가 부과됨.

 ※ 또한 교수의 사업은 교육공무원법등에 규정된   영리업무 및 겸업 금지의무  의 위반 등 신분상의 문제가 발생함.

   - 교수 등 연구소의 원천징수의무

    연구소에서 직접 채용한 고용관계 있는 연구원 연구보조원 및 고용관계 없는 자에게 인건비, 연구보조비 등을 지급하는 경우 지급자인 교수 및 책임연구원에 대한 원천징수 및 지급조서제출의무 있음.

3) 소득구분별 과세방법

가) 기타소득 과세방법

  - 소득을 지급하는 자는 지급액에서 80％를 필요경비로 공제한 소득금액의 20％를 기타소득세로 원천징수하여야 하며, 기타소득금액을 근로소득등 다른 소득과 합산하여 종합소득세 확정신고 납부의무가 있음.

※ 다만, 일정한 기타소득금액 합계액이 연간 300만원 이하인 경우 종합소득세 확정신고없이 원천징수 분리과세를 선택할 수 있음.

- 기타소득금액이 매건마다 5만원 이하인 경우 과세하지 아니함

- 기타소득으로 구분되는 연구비는 교수등이 강의등 대학교와 일상적인 고용관계 이외에 독립된 지위에서 연구용역을 제공하고 그 대가로 받는 금액임.

   → 연구활동비 연구수당 연구장학금 등 명칭여하에 불구함.

나) 사업소득세 과세방법

- 연구용역대가로 지급받은 금액의 합계액을 사업소득의 수입금액으로 보아 기장내역에 따라 과세(무기장시 단순 기준경비율 적용)

- 소득을 지급하는 자는 필요경비 공제없이 지급총액의 3％를 원천징수하여야 함

- 임의단체로 보는 연구소의 원천징수 기납부세액의 처리

  연구소가 1거주자에 해당하는 경우 → 당해 연구소의 종합소득세 신고시 기납부세액으로 공제

  연구소가 공동사업자에 해당하는 경우 → 공동사업자가 소득분배 비율에 따라 종합소득세 신고시 기납부세액으로 공제받음.

다) 근로소득세 과세방법

- 다른 소득이 없는 경우, 소득을 지급하는 자의 원천징수 및 연말정산으로 납세의무가 종결됨.