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기숙사운영의 조세문제(Ⅰ)_김준석회계사_2008.08.21

작성자김영찬 작성일Aug 22, 2008

기숙사운영의 조세문제(Ⅰ)………2008.08.21

	요약
	o 학교의 교육서비스업은 수익사업이 아니고 학교의 교육서비스업에 필수적으로 부대되 는 경우이면 기숙사수익이 수익사업에 해당하지 아니하게 됨. o 기숙사 외의 식당·매점·당구장의 운영사업은 부가가치세가 과세되는 것임.

1. 법인세법상의 기숙사

1) 비영리법인의 수익사업과 기숙사

학교법인 등 비영리법인이 직영하는 기숙사의 운영은 수익사업에 해당한다.

비영리법인의 각 사업연도소득에 해당하여 법인세를 과세하는 대상인 수익사업소득에는 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것이 포함되며(法法 3), 대통령령이 정하는 것이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다(法令 2).

‘한국표준산업분류’상 ‘회사 및 단체의 기숙사운영업’은 대분류(H : 숙박 및 음식점업), 중분류(55 : 숙박 및 음식점업), 소분류(551 : 숙박업), 세분류(5519 : 기타 숙박시설운영업), 세세분류(55191 : 회사 및 단체 기숙사운영업)에 분류되는 것이므로 학교기숙사 등의 ‘단체의 기숙사운영업’으로서 수익이 발생하는 것이면 법인세법상 수익사업이 되는 것이다.
다만, 위의 수익사업에는 ‘교육서비스업 중 「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업’은 제외되는 것으로 규정하고 있으므로 학교의 교육서비스업은 수익사업이 아니고 학교의 교육서비스업에 필수적으로 부대되는 경우이면 기숙사수익이 수익사업에 해당하지 아니하게 되는 것이다.

이에 해당하는 해석사례로는 ‘… 비영리법인인 ○○여자신학교가 학생 기숙사용 아파트를 양도한 경우로서, 당해 부동산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 해당 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 “법인세법” 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것임…(서면2팀-2225, 2006.11.1.)’이다.

2) 고유목적사업준비금의 사용과 학교법인의 기숙사의 사용수익조건부 취득

영리법인이 사립학교법에 의한 학교법인의 소유토지에 기숙사용 건물을 신축하고 일정기간(예 30년) 무상 사용하는 조건으로 학교법인에 기부하는 경우 학교법인은 기부받은 자산가액상당액을 사용수익기간동안 임대업에 사용하는 것이므로 고유목적사업준비금을 고유목적사업용 고정자산인 당해 기숙사의 취득에 사용한 것으로 볼 수 없는 것이다.

고유목적사업준비금은 비영리법인의 고유목적사업에 지출하는 것을 목적으로 적립하는 준비금이며 이 때 고유목적사업이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말하는 것이고(法令 56 ④), 임대업은 수익사업에 해당하기 때문이다.

<해석사례>

영리법인이 학교법인의 소유토지에 기숙사용 건물을 신축하고 일정기간(예 30년) 무상 사용하는 조건으로 학교법인에 기부하는 경우 학교법인은 고유목적사업준비금을 기숙사의 취득에 사용한 것으로 볼 수 없는 것임(법인세제과-81, 2005.1.30.) .

<질의>

영리법인이 사립학교법에 의한 학교법인의 소유토지에 기숙사용 건물을 신축하고 일정기간(30년) 무상 사용하는 조건으로 학교법인에 기부하는 경우 학교법인은 기부받은 자산가액상당액을 토지의 선수임대료로 보아 사용수익기간동안 안분계산한 금액을 수익계상하고 동 수익에 대해 고유목적사업준비금을 손금산입한 경우 동 준비금을 고유목적사업용 고정자산(당해 기숙사)의 취득에 사용한 것으로 볼 수 있는지에 대해 질의함.

<갑설> 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 없다.

(이유) 학교법인은 사용수익기간동안 안분한 금액을 임대수입으로 하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있으나 동 준비금으로 고정자산(기숙사)을 취득한 것이 아닐 뿐만 아니라 기숙사는 사용수익기간동안 수익사업용 자산에 해당하므로 고유목적사업용 고정자산을 취득한 것이 아니기 때문임.

<을설> 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 있다.

(이유) 기숙사를 기부받은 것은 장래 고유목적사업을 수행하기 위한 것으로 당해 거래의 실질은 고유 목적사업용 기숙사 부지의 임대료로 고유목적사업용 고정자산을 취득한 것이기 때문임.

<병설> 수입사업에 해당하지 않는다.

(이유) 학교법인이 수익사업과 관련한 자산을 기부받은 것이 아니라 고유목적사업용 고정자산을 취득하기 위해 기숙사용 건축물을 기부받아 기부한 법인에게 일정기간 무상사용권리를 부여한 것이므로 수익사업을 영위하는 영리법인과 같이 임대료의 선수로 보는 것은 타당하지 않기 때문임.

<회신>

고유목적사업준비금의 사용여부에 대한 질의는 <갑설>이 타당한 것임.

3) 비영리법인의 수익사업소득인 고정자산 처분수입과 기숙사 처분수입

고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리법인의 각 사업연도소득으로 보아 법인세를 과세하며 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것은 과세대상에서 제외하는 바(法法 3 ②), 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 과세대상에서 제외한다(法令 2 ②).

학생 기숙사용 아파트를 양도한 경우로서, 당해 부동산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 해당 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 “법인세법” 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것으로 해석하는 입장을 보면, 학생 기숙사의 사용은 ‘정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용’한 것에 해당하는 것이고 수익사업이 아닌 것으로 보는 것이다.

< 해석사례 >

1. 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 학생 기숙사의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세가 과세되지 아니함(서면2팀-2225, 2006.11.1.).

< 질의 >

(재)대한예수교장로회 총회 유지재단은 1982.6.에 문화공보부장관이 허가한 종교재단이며, 산하 대한예수교장로회 ○○여자신학교는 신학생의 교육 및 예배 목적으로 1988.6.에 관할구청에 등록하여 설립됨.

동 신학교는 시영아파트를 1998.11.에 구입하여 3년 이상 신입생 기숙사용으로 직접 사용하던 중 양도하고, 신학교의 개보수를 위한 경상운영비로 사용
신학교가 고유목적사업에 3년 이상 사용하던 기숙사용 부동산(아파트)을 양도할 경우 법인세 과세 여부

< 회신 >

1. 주무관청에 등록하여 설립한 비영리법인인 ○○여자신학교가 학생 기숙사용 아파트를 양도한 경우로서, 당해 부동산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 해당 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 “법인세법” 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것임.

2. 귀 질의와 관련한 법령 등을 참고하기 바람.

2. 비영리법인(한국전기연구원)이 종업원의 거주용도로 사용한 아파트는 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 그 처분수입에 법인세 과세되지 아니함(서면2팀-991, 2006.5.30.).

“과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률”에 의하여 설립된 한국전기연구원이 아파트를 취득하여 종업원의 거주용도로 사용하던 중 양도하는 경우, 당해 아파트는 동 연구원의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 이의처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 “법인세법” 제3조 제2항 제5호에 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니함.

3. 비영리법인인이 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 3년 이상 계속하여 사용하던 아파트를 양도하는 경우 이의처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상 아님(법인46012-10368, 2003.12.19.).

△△법에 의하여 설립된 비영리법인인 ○○○연구소가 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 3년 이상 계속하여 사용하던 아파트를 양도하는 경우, 당해 아파트는 동 연구소의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 이의처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니함.

4) 기숙사시설투자의 소득세 또는 법인세 세액공제

대통령령이 정하는 내국인이 그 종업원의 주거안정 등 복지증진을 위하여 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 2009년 12월 31일까지 취득(신축 또는 구입을 포함)한 경우에는 당해 시설의 취득금액(당해 시설에 부수되는 토지의 매입대금을 제외)의 100분의 7에 상당하는 금액을 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다(租特法 94 ①).

1. 무주택종업원(출자자인 임원을 제외한다)에게 임대하기 위한 국민주택

2. 종업원용 기숙사

“대통령령이 정하는 내국인”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 신축하거나 구입하는 자를 말한다.

1. 무주택종업원용 임대주택(이하 이 조에서 “사원용 임대주택”이라 한다)

2. 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 소속근로자를 위하여 건설하는 기숙사

3. (이하 생략)

5) 주택 또는 비사업용토지의 양도에 대한 법인세과세특례

대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 토지등양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다(法法 55의2).

“대통령령이 정하는 주택”이라 함은 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다(法令 92의2).

2호. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주 등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

기숙사로 공부상 등기되어 실제 종업원을 위한 기숙사 용도로 사용하는 건물은 이 규정에 의하여 과세특례에 의한 세액의 부담을 하지 아니한다.

<해석사례>

1. 기숙사로 공부상 등재되고 실제 종업원의 기숙사로 사용한 건물의 경우 과세대상 아님(서면2팀-666, 2007.4.13.).

「건축법 시행령」 별표 1 제2호 라목의 규정에 의한 기숙사로 공부상 등기되어 실제 종업원을 위한 기숙사 용도로 사용하는 건물에 대하여는 「법인세법」 제55조의2 제1항 제2호의 규정을 적용하지 아니하는 것임.

2. 무상제공기간의 계산(소유기간 중에 실제 무상제공한 기간을 기준으로 함)

내국법인이 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(「법인세법 시행령」 제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그밖에 무상으로 제공하는 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택을 양도하는 경우에는 「법인세법」 제55조의2의 규정을 적용하지 아니하는 것이며, 사업의 양수도에 의해 취득한 주택인 경우의 무상제공기간은 양수도에 의해 취득한 날 이후 양도일까지의 기간 중에 실제 무상제공한 기간을 말하는 것임(서면2팀-1918, 2006.9.26.).

2. 기숙사에 대한 부가가치세법 적용

1) BTO방식에 의한 대학 기숙사 건물(재화)공급과 기숙사 운영수익(용역)의 부가가치세면제

(1) 조세특례제한법 규정의 요약

교육과학기술부장관 또는 교육과학기술부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설된 학교시설(「고등교육법」 제2조에 따른 학교시설에 한한다)에 대하여 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 그 추천을 받은 자가 그 학교시설을 이용하여 제공하는 용역

2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다. 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다(租特法 106 ① 8호).

※ 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식준용

1호. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업 시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(Build - Transfer - Operating)(제2호에 해당하는 경우를 제외한다) (2005.1.27. 개정)

2호. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용·수익하는 방식 (2005.1.27. 신설)

※ 「고등교육법」 제2조에 따른 학교시설

1. 대학 2. 산업대학 3. 교육대학 4. 전문대학 5. 방송대학·통신대학·방송통신대학 및 사이버대학(이하 “원격대학”이라 한다) 6. 기술대학 7. 각종 학교

(2) 건축물의 소유권이전 및 기숙사시설이용용역(숙박업)을 면세대상으로 함

교육인적자원부장관의 추천을 받은 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 국내 소재 대학교의 기숙사를 건축하여 그 소유권을 당해 대학교에 귀속시키고 그 대가로 일정기간 동안 당해 건물에 대한 시설관리운영권을 취득하는 경우 당해 건물의 소유권이전(재화공급)과 당해 학교시설(기숙사)을 이용하여 제공하는 용역에 대하여는「조세특례제한법」 제106조 제1항 제8호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이다.

<사업자의 회계처리>

① 건축

차) 건설중인자산	100		대) 현금 등	110
차) 건설중인자산(부가가치세상당액)	10

② 소유권의 대학으로의 이전

차) 선급임차료	100		대) 건설중인자산	110
차) 선급임차료(부가가치세상당액)	10

③ 선급임차료의 비용대체(10년간 가정)

차) 지급임차료	10		대) 선급임차료 (매입세금계산서)	11
차) 선급부가가치세	1

③ 선급임차료의 비용대체(10년간 가정)

차) 현금	20		대) 매출	20
			대) 부가가치세예수금	0

<대학의 회계처리>

① 건축
회계사항 발생하지 아니함.

② 소유권의 대학으로의 이전

차) 유형자산	110		대) 선수임대료	100
			대) 선수임대료(부가가치세상당액)	10

③ 선수임대료의 수익대체(10년간 가정)

차) 선수임대료	10		대) 임대료수익	10
차) 선수임대료	1		대) 부가가치세예수금	1(매출세금계산서)

④ 감가상각(40년 가정)

차) 감가상각비

2.75

대) 감가상각누계액

2.75

<해석사례>

1. 교육인적자원부장관의 추천을 받은 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 국내 소재 대학교의 기숙사를 건축하여 그 소유권을 당해 대학교에 귀속시키고 그 대가로 일정기간 동안 당해 건물에 대한 시설관리운영권을 취득하는 경우 당해 건물의 소유권이전(재화공급)과 당해 학교시설(기숙사)을 이용하여 제공하는 용역에 대하여는 부가가치세가 면제됨(서면3팀-2413, 2007.8.29.).

< 질의 >

1. A라는 민간회사가 교육인적자원부장관의 추천을 받아서 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식(BTO방식)을 준용하여 사립대학교에 기숙사를 기부채납하고 시설관리운영권을 인정받았을 경우 기부채납에 대하여 과세되는지.

2. 당해 A가 또다른 민간회사 B에게 기숙사 관리운영 업무 중 일부를 용역으로 위탁할 경우 민간회사 B가 공급한 용역이 과세되는지.

3. B가 「부가가치세법 시행령」 제37조 제3호에 의하여 기숙사를 운영할 경우 B가 A에게 공급한 용역의 과세 여부

< 회신 >

1. 귀 질의 ‘1’의 경우 사실관계가 불분명하나 사업자가 대학교의 기숙사를 건축하여 그 소유권을 당해 대학교에 귀속시키고 그 대가로 일정기간 동안 당해 건물에 대한 시설관리운영권을 취득하는 경우 부가가치세 과세 여부에 대하여 기질의회신사례(서면3팀-1440, 2006.7.13.)를 참조하기 바람.

2. 질의 ‘2, 3’의 경우 사업자가 건물관리 등 용역을 공급하는 경우 「부가가치세법」 제7조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 그 공급을 받는 자가 면세사업자라 하더라도 같은법 제15조의 규정에 의하여 부가가치세를 거래징수하여야 하는 것임. 다만, 공익을 목적으로 학생을 위하여 기숙사를 운영하는 자로서 음식 및 숙박용역의 부가가치세 면제 여부에 대하여는 기질의회신사례(부가 46015-4798, 1999.12.3.)를 참고하기 바라며, 귀 질의가 이에 해당하는지의 여부는 관련사실을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임.

※ 참고예규 : 1. 서면3팀-1440, 2006.7.13.

① 교육인적자원부장관의 추천을 받은 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 국내 소재 대학교의 기숙사를 건축하여 그 소유권을 당해 대학교에 귀속시키고 그 대가로 일정기간 동안 당해 건물에 대한 시설관리운영권을 취득하는 경우 당해 건물의 소유권이전(재화공급)과 당해 학교시설(기숙사)을 이용하여 제공하는 용역에 대하여는 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제8호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임.

② 또한, 당해 건물 신축에 관련된 매입세액은 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 것임. 다만, 이 경우 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제8호의 개정규정에 의하여 부가가치세 면제사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 당해 개정규정의 시행일(2006.1.1.) 전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 당해 사업을 위하여 직접사용하는 경우에는 같은법 부칙 제46조의 규정에 의하여 「부가가치세법」 제6조 제2항 및 제17조 제5항의 규정을 적용하지 아니하는 것임.

(3) 기숙사운영사업자의 부가가치세면제 (대상사업자의 범위)

종교·자선·학술·구호 기타공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것은 부가가치세를 면제하며(附法 12 ① 16호) 대통령이 정하는 것 중에 ‘공익을 목적으로 기획재정부령이 정하는 기숙사를 운영하는 자가 학생 또는 근로자를 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 용역(음식 및 숙박용역에 한한다)’이 포함된다(附令 37 3호).

“기획재정부령이 정하는 기숙사를 운영하는 자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 교육과학기술부장관 또는 교육과학기술부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자로서 학생을 위하여 기숙사를 운영하는 자

2. 노동부장관 또는 노동부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자로서 근로자를 위하여 기숙사를 운영하는 자

<해석사례>

1. 기숙사 외의 식당·매점·당구장의 운영사업은 부가가치세가 과세되는 것임(부가 46015-4798, 1999.12.3.).

공익을 목적으로 교육부장관 또는 교육부장관이 지정하는 자의 추천을 받아 학생을 위하여 기숙사를 운영하는 자가 실비 또는 무상으로 공급하는 음식 및 숙박용역의 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제37조 제3호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지의 여부는 관련사실을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항이며, 귀 질의 중 기존 식당·매점·당구장의 운영사업은 부가가치세가 과세되는 것임.

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