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공익법인 세무관리 관련 최신 예규 모음 ……… 2008.10.30
작성자김영찬 작성일Nov 3, 2008
공익법인 세무관리 관련 최신 예규 모음 ……… 2008.10.30

김준석 회계사

요약
o 주무부장관이 연장해준 최종 사용기간까지 출연재산을 직접 공익목적사업에 사용하지
않은 경우의 증여세 과세 : 그 최종 사용기간이 경과한 날에 증여받은 것으로 봄
o 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산(☞ 증여세 비과세대상임)에 대해서는 출
연재산명세 등을 제출하지 아니하여도 되는 것임

1. 출연재산 사후관리
(1) 주무부장관이 연장해준 최종 사용기간까지 출연재산을 직접 공익목적사업에 사용하지 않 은 경우의 증여세 과세 : 그 최종 사용기간이 경과한 날에 증여받은 것으로 봄
「의료법」의 규정에 의한 의료법인이 출연받은 재산을 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 당초 출연일로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 곤란한 사실을 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정하여 그 사용기간을 여러 차례 연장해준 경우로서, 당해 의료법인이 주무부장관이 연장해준 최종 사용기간까지 출연재산을 직접 공익목적사업에 사용하지 않은 경우에는 그 최종 사용기간이 경과한 날에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니한 재산의 가액을 증여받은 것으로 보아 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제1호의 규정에 따른 증여세를 부과하는 것임(서면4팀-1383, 2008.6.10.).

(2) 공익법인이 출연재산을 주무관청의 허가를 받지 않고 다른 공익법인에 출연하는 경우 증 여세를 과세하는 것임

【질의】
문화체육관광부에 등록되지 아니한 법인격없는 종교단체가 출연받은 부동산을 같은 종교목적으로 운영되는 동일한 교단의 공익법인인 다른 교회에 재출연하고자 함.
- 이 경우 주무관청인 문화체육관광부에 미등록된 교회에 해당되어 문화체육관광부 소관의 허가사항이 아니어서 다른 공익법인으로의 출연허가를 받을 수 없음.
주무관청인 문화체육관광부의 허가없이 설립한 교회가 출연받은 재산을 주무관청의 허가없이 다른 교회에 재출연하는 경우 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부임.

【회신】
공익법인 등이 출연받은 재산을 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조 제2항 단서에 규정한 요건을 갖추지 아니하고 다른 공익법인 등에게 출연하는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제1호의 규정에 의하여 증여세가 과세되는 것임(서면4팀-1136, 2008.5.8.).
2. 운용소득 또는 출연재산매각대금의 사용의무규정
(1) 규정요약
운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 “대통령령이 정하는 기준금액(“운용소득”의 100분의 70에 상당하는 “사용기준금액”)이상이어야 함.

(2) 직접 공익목적사업비의 범위(관리비와 인건비 중)
「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조 제2항 본문의 규정에 의하여 공익사업을 영위하는 공익법인이 관리비로 지출한 금액 중 정관상 고유목적사업의 수행과 직접 관련된 비용은 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것이며, 고유목적사업을 수행하기 위한 사용인의 인건비로 지출한 금액에 대하여는 전액 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임(서면4팀-2704, 2007.9.14.).

(3) 출연받은 재산의 매각대금을 공익법인의 임ㆍ직원이 거주할 사택을 취득하는데 사용하는 경우에는 공익목적사업 외에 사용한 것으로 봄
「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제4호의 규정을 적용함에 있어, 공익법인이 출연받은 재산의 매각대금으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하거나 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우에는 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것이나, 귀 질의의 경우와 같이 매각대금으로 공익법인의 임ㆍ직원이 거주할 사택을 취득하는데 사용하는 경우에는 공익목적사업 외에 사용한 것으로 보아 공익법인에게 증여세를 부과하는 것임.

(4) 출연받은 재산의 매각대금으로 차입금을 상환하는 것을 직접 공익목적사업에 사용한 것으 로 보는 경우(주무관청의 허가를 받아 차입한 금액을 직접 공익목적사업에 사용하였을 것)
공익법인이 출연받은 재산 또는 출연받은 재산의 매각대금으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하거나 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제1호의 규정에 의하여 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것이나, 차입금(수익사업의 회계에 속하는 차입금을 포함한다)을 상환하는 경우에는 그러하지 아니하는 것임. 다만, 주무관청의 허가를 받아 차입한 금액을 직접 공익목적사업에 사용하고 출연받은 재산 또는 출연받은 재산의 매각대금으로 당해 차입금을 상환하는 경우에는 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임(서면4팀-3225, 2007.11.7.).
3. 출연재산보고서의 제출의무
(1) 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산(☞ 증여세 비과세대상임)에 대해서는 출연재 산명세 등을 제출하지 아니하여도 되는 것임

(2) 공익법인이 출연재산을 주무관청의 허가를 받지 않고 다른 공익법인에 출연하는 경우 증 여세를 과세하는 것임

【질의】
당 공익법인은 「민법」 제32조에 의한 비영리사단법인으로서 중소기업청으로부터 산학연간의 상호협력과 교류를 통하여 중소기업의 기술력 향상 및 기술개발 능력제고를 위한 지원금을 받음. 정부로부터 받은 지원금도 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항에 의한 보고의무가 있는지.

【회신】
공익법인 등이 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산 외에 일반개인이나 법인 등으로부터 출연받은 재산이 없는 경우, 당해 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산에 대해서는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항의 규정에 의한 출연재산명세 등을 제출하지 아니하여도 되는 것임(서면4팀-368, 2008.2.13.).

참고예규 : 1. 재삼 46014-645, 1999.4.1.
「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」을 적용받는 “서울시정개발연구원”이 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산 외에 일반개인이나 법인 등으로부터 출연받은 재산이 없는 경우, 당해 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산에 대해서는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항의 규정에 의한 출연재산명세 등을 제출하지 않거나 같은 법 제50조의 규정에 의한 외부전문가의 세무확인을 받지 아니하여도 됨.

2. 서면4팀-1101, 2007.4.4.
「산업기술단지지원에 관한 특례법」의 규정에 따라 사업시행자로 지정받은 재단법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산 외에 일반개인이나 법인 등으로부터 출연받은 재산이 있는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항 및 같은 법 제50조의 규정이 적용되는 것임.
4. 초과이사 또는 임직원에 대한 가산세 규정(相贈法 78 ⑥)
(1) 규정요약
이사수를 초과하는 이사가 있거나, 임ㆍ직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

이 경우 “대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비”라 함은 당해 이사 또는 임ㆍ직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비 등[의사, 학교의 교사(☞ 2008.2.22.자 개정으로 교직원으로 개정함), 고아원ㆍ탁아소의 보모, 도서관의 사서, 사회복지법인 등의 사회복지사와 관련된 경비를 제외한다]을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다.

(2) 공익법인의 임ㆍ직원에게 지급한 경비를 가산세로 부과함에 있어, 초ㆍ중등학교의 교장ㆍ
교감은 학교의 ‘교사(가산세부과 제외대상)’에 해당하지 아니하는 것임

【질의】
초ㆍ중등학교의 교감, 교장이 실제로 수업 및 학생지도를 직접 행하지는 않는다고 하지만 교사자격을 소지하고 일정한 기간 교직경력을 가져야만 그 직위에 입용될 수 있음은 물론 교감, 교장 또한 교사의 자격 중의 한 종류라 할 수 있고 전문지식을 바탕으로 학교의 교육업무를 총괄하고, 소속 교직원을 지도ㆍ감독하며, 학생을 교육하는 등의 업무를 수행하므로 교사 본연의 업무를 행하지 않는다고 볼 하등의 이유가 없으므로, 초ㆍ중등학교의 교감, 교장을 교사의 범주에 포함함이 타당하다고 생각됨.
「상속세 및 증여세법 시행령」 제80조 제10항의 규정 중 “학교의 교사”에 초ㆍ중등학교의 교감, 교장이 포함되는지.

【회신】
「상속세 및 증여세법」 제48조 제8항 및 같은 법 제78조 제6항의 규정에 따라 출연자 및 그와 특수관계에 있는 공익법인의 임ㆍ직원에게 지급한 경비를 가산세로 부과함에 있어, 초ㆍ중등학교의 교장ㆍ교감은 같은 법 시행령 제80조 제10항에서 규정하는 학교의 교사에 해당하지 아니하는 것임(서면4팀-3319, 2007.11.16).

(편주) 위 해석은 종전규정이 ‘교사’만을 가산세 적용 제외대상에 포함하였을 때의 해석이고 1980.2.22.자 개정에서 ‘교직원(교직원 중 직원은 사립학교법 제29조에 따른 학교에 속하는 회계로 경비를 지급하는 직원에 한한다)’으로 개정하였는 바, 교장과 교감은 개정 법규에 의한 ‘교직원’의 범위에 해당하는 것이므로(☞ 초중등교육법 제19조 제1항 참조) 교장과 교감도 가산세의 적용 제외대상에 포함되는 것으로 봄이 타당하다.
5. 외부전문가의 세무확인
(1) 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산(☞ 증여세 비과세대상임)에 대해서는 외부전
문가의 세무확인을 받지 아니하여도 됨

1. 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」을 적용받는 “서울시정개발연구원”이 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산 외에 일반개인이나 법인 등으로부터 출연받은 재산이 없는 경우, 당해 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산에 대해서는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항의 규정에 의한 출연재산명세 등을 제출하지 않거나 같은 법 제50조의 규정에 의한 외부전문가의 세무확인을 받지 아니하여도 됨(재삼 46014-645, 1999.4.1.).
2. 「산업기술단지지원에 관한 특례법」의 규정에 따라 사업시행자로 지정받은 재단법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산 외에 일반개인이나 법인 등으로부터 출연받은 재산이 있는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항 및 같은 법 제50조의 규정이 적용되는 것임(서면4팀-1101, 2007.4.4.).

(2) 외부전문가의 세무확인 및 회계감사(相贈法 50)

 
■ 위임규정요약
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용함에 있어서 세무확인항목, 세무확인절차ㆍ방법, 보고서의 작성 및 세무확인결과의 보고절차, 외부감사의 방법 등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

 

  

 

 
<相贈令 43>
⑧ 법 제50조 제4항에 따른 세무확인절차ㆍ방법 및 외부감사를 위한 외부전문가 및 감사인의 선임ㆍ선임의 제한, 외부전문가의 의무, 세무확인서 및 세무확인기간 등 외부전문가의 세무확인 및 감사인의 외부감사에 필요한 세부사항은 국세청장이 정한다. (2008.2.22. 개정)

☞ 공익법인 등의 세무확인규정(국세청고시 제2007-10, 2007.5.1.)고시 이후 개정 또는 신규고시가 없으므로 아직 ‘외부전문가의 세무확인 및 감사인의 외부감사에 필요한 세부사항은 국세청장이 정한’ 바가 없는 실황이다.
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