피고의 항소를 기각한다.

1. 처분의 경위

  다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제3, 4호증, 제5호증의 1, 2, 을제1호증의 1 내지 10의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정된다.

  가. 원고는 2004.7.16. 오○○으로부터 대구 달서구 ○○동 1029-1 0000맨션 제102동 제601호 아파트(이하 "이 사건 아파트"라 한다.)를 증여받아 같은해 8.10. 대구지방법원 ○○등기소 접수 제57648호로 소유권이전등기를 경료하였다.

  나. 원고는 2004.7.30. 피고에게 이 사건 아파트의 취득 및 이전등록에 따른 취득세와 등록세 등 지방세 감면신청을 하였으나, 피고는 같은해 8.5. 이 사건 아파트는 원고 소속 수녀들의 사택으로 사용되는 것이므로 종교목적에 직접 공여되는 것이 아니라는 이유로 원고의 감면신청을 반려하였다.

  다. 이에 원고는 2004.8.9. 피고에게 취득세 1,105,510원, 농어촌특별세 110,550원, 등록세 442,200원, 지방교육세 88,440원 등 합계 1,746,700원을 신고ㆍ납부하였고(위 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세의 각 부과처분을 "이 사건 각 처분"이라고 한다.), 피고는 이를 수납징수 처리하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 그 목적사업의 수행을 위하여 학교법인 ○○학원으로부터 ○○초등학교의 관리를 위탁받아 원고 소속 수녀들을 위 학교의 교장 및 교사 등으로 파견하여 이를 관리하고 있고, 파견된 위 수녀들의 숙소(수녀원분원)로 이 사건 아파트를 취득하여 현재까지 수녀원분원으로 사용하고 있으므로, 이 사건 아파트는 비영리사업자인 원고가 그 목적사업에 직접 사용하는 것으로 이에 대하여는 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세가 비과세되어야 하고, 따라서 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증, 제6, 7호증의 각 1 내지 4, 제9호증, 을제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정된다.

(1) 원고는 ○○○ ○○○ 수녀회의 기본이념에 입각하여 전교, 교육, 복지 등 교회의 선교사업 및 가난한 이들에 대한 우선적인 봉사와 애덕의 실천에 기여함을 목적으로 하여(규약 제3조) 수녀들을 그 회원(종신서원자 및 주년서원자)으로 하여 구성된 가톨릭교회의 수도자 단체로서(규약 제4조), 위 목적 달성을 위하여 ① 전교사 양성 및 포교사업, ② 초, 중, 고등학교 및 유치원 교육을 위한 교육사업 지원, ③ 가난한 이들을 위하여 교회가 요구하는 사업을 하고 있고(규약 제19조), 이를 위하여 성당이나 학교, 사회복지시설 등에 소속 수녀를 파견하여 파견된 수녀들로 하여금 성당, 학교 등의 업무를 수행하도록 하고 있다.

(2) ○○초등학교는 천주교 ○○대교구 산하 학교법인 ○○학원이 설립한 교육시설인데, 원고는 앞서와 같은 목적사업을 구체적으로 실천하기 위하여 그 소속 수녀 중 장○○을 위 학교의 교장으로, 정○○을 교사로, 김○○를 사서강사(종교담당 겸직)로, 이○○를 종교강사로 파견하여 위 학교에서 근무하도록 하고 있다.

(3) ○○초등학교는 대구 달서구 ○○동에 위치하여 대구 중구 ○○동에 있는 원고의 수녀원 본원과는 다소 떨어진 거리에 있고, 위 학교 내에는 교장 및 교사 등으로 파견된 원고 소속 수녀들이 공동으로 거주할 곳이 따로 마련되어 있지 않으며, 이에 원고는 위 수녀들의 출퇴근 편의를 위하여 이 사건 아파트를 취득하여 그때부터 위 수녀들의 사택으로 사용하고 있다.

라. 판단

(1) 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그에 대한 등기를 용도구분에 의한 취득세ㆍ등록세 비과세사유로 규정하고 있는바, 그 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 "그 사업에 사용"한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, "그 사업에 사용"의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2002.10.11. 선고, 2001두878, 대법원 2006.1.13. 선고, 2004두9265 판결 등 참조).

(2) 위 인정사실에 의하면 원고는 종교 및 제사를 목적으로 하는 지방세법 시행령 제79조 제1호 소정의 비영리사업자에 해당한다고 할 것이므로, 나아가 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 아파트를 취득한 것인지에 관하여 보건대, 원고는 선교사업 및 봉사와 애덕의 실천이라는 결성목적의 달성을 위하여 초등학교 등의 교육사업 지원을 수행하고 있으므로, ○○초등학교에 그 소속 수녀를 파견하여 교장 및 교사 등의 직책을 수행하게 하는 것은 이와 같은 교육사업 지원의 일환으로 이루어지는 것이어서 원고의 사업에 해당하고, 원고와 같은 수도자 단체는 그 소속 수녀와 같은 인적구성원에 의하여 주로 기능하는 것으로 효성초등학교에 대한 교육사업 지원 역시 원고가 교장 및 교사 등으로 수녀들을 파견함으로써 수행하는 결과 위 학교에 파견되어 교장 및 교사 등의 업무를 직접 담당하는 수녀들은 원고의 위 사업에 있어 필요불가결한 존재라 할 것이다. 따라서 원고가 이와 같은 수녀들의 출퇴근 편의 등을 위한 주거용으로 사용할 목적으로 이 사건 아파트를 취득하여 현재까지 그 용도로 사용하고 있다면, 앞서 본 판단기준에 비추어 볼 때 이 사건 아파트는 교육사업 지원이라는 원고의 사업 자체에 직접 사용되는 것으로 보아야 할 것이고, 이 사건 아파트가 위 초등학교 또는 원고의 수녀원 본원과 동일한 구내에 있지 아니하고 떨어져 있다 하여 이와 달리 볼 수는 없으며(대법원 1992.9.22. 선고, 92누7351 판결 참조), 원고가 수도자 단체라는 이유만으로 종교의 집회ㆍ교육ㆍ선교 등에 직접 사용되는 종교용 부동산만이 원고의 목적사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수도 없다.

(3) 결국 이 사건 아파트는 지방세법 등 소정의 비과세재산에 해당한다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 결론

  그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 피고의 항소는 이유없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

  ○ 지방세법 (2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

  제105조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권ㆍ콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장ㆍ콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.

  제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

  1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

  제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.

  제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

  1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

  제260조의 2(납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의 2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

  ○ 지방세법 시행령 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

   1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

  제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

  ○ 농어촌특별세법 제4조(비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

   12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

  ○ 농어촌특별세법 시행령(2004.12.31. 대통령령 제18629호로 개정되기 전의 것)

  제4조(비과세) ⑥ 법 제4조 제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

   5. 지방세법 제106조 제2항, 제107조 제1호ㆍ제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, 제127조 제1항 제1호 내지 제3호, 제127조의 2 제2항, 제266조 제2항(농어촌정비법에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업지반시설용 토지와 그 시설물에 한한다), 제269조 제5항, 제270조 제1항ㆍ제4항, 제271조 제3항, 제272조 제1항ㆍ제2항, 제274조, 제275조, 제278조 제1항, 제282조, 제284조 제1항(항공법에 의하여 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한한다), 제287조, 제288조 제1항ㆍ제2항, 제289조 제4항 및 동법시행령 제96조 제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면