1. 사실관계

○ 공사는 「공사법」에 따라 설립된 정부투자기관으로서 국토해양부에서 2006년 5월 수립한 “건설교통 R&D 혁신로드맵”에서 10대 중점추진 R&D 프로젝트 중 하나인 “SMART Highway사업(첨단도로기술, IT기술, 차세대 자동차 기술이 상호 융복합된 무정체·무사고의 지능형 고속도로를 건설하는 사업)의 연구시행기관으로 2007년 10월 선정

○ 스마트하이웨이사업의 개략적인 내용

- 사업기간 : 2007 ～ 2017(1차년도 협약기간:2007.10.11.～2008.12.10)

- 총사업비 : 총 1333억원(정부출연금1,030억원, 민간부담분 303억원)

- 소관부처 : 국토해양부

- 전문기관 : ○○평가원

- 총괄기관 : 공사(스마트하이웨이사업단장 소속 기관)

○ 공사는 국토해양부소관 연구개발사업 운영규정에 따라 사업관리 주체(○○평) 및 참여연구기관(핵심주관기관, 세부연구기관, 협동연구기관, 위탁연구기관)과 각각 협약을 체결

○ 연구개발비의 관리 및 사용

연구개발비는 총괄기관인 공사에서 정부출연금 및 참여기업 분담금을 지급받은 때에 별도의 계정을 설정하여 관리하며, 정부출연금에 대하여는 협약서에 정한 바에 따라 지급하고 정산

○ 정부출연금의 지급 및 정산

정부출연금은 총괄협약서(공사와 평가원간에 체결)에 의하여 공사가 평가원으로부터 지급받으며, 과제선정평가를 거쳐 세부협약서(공사와 참여기업간에 체결)에 따라 공사가 참여기업에 지급하고 과제수행 후 연구개발기간이 종료된 날로부터 3개월 이내에 사용실적을 건기평에 보고

○ 연구개발결과의 제출 및 평가

주관기관(총괄기관) 및 참여기업(핵심주관기관)은 해당 연차 연구개발기간 종료 후 일정기일 이내에 연구과제에 대한 진도보고서 및 자체평가보고서 등을 제출

○ 성과물의 배분

정부지분에 대하여 연구개발과제의 성과물은 핵심주관기관 소유로 하되, 연구개발과제가 다수의 핵심과제 및 세부과제로 구성된 경우에는 당해 연구개발과제를 수행하는 연구기관들과의 권리관계를 협약에 따로 정함. 다만, 국가안보상 필요한 경우, 공익적 목적에 활용하기 위하여 필요한 경우, 기타 주관기관의 소유가 부적합한 경우 국가 또는 전문기관 또는 공동소유로 할 수 있음.

○ 기술료의 징수

연구개발사업의 수행으로 발생된 유무형적 성과물을 활용하고자 하는 자(실시기업)가 핵심주관기관의 장과 기술실시계약을 체결하는 경우 전문기관인 건기평을 계약당사자로 참여시켜야 하며 기술료의 징수방법은 관련된 규정을 위반하지 않는 범위 내에서 핵심주관기관과 실시기업간의 협약으로 정함.

2. 신청내용

○ 국책연구개발과제 시행기관(총괄기관)으로 선정된 공사가 평가원으로부터 수령하는 정부출연금이 용역의 제공 대가에 해당하여 부가가치세 과세대상인지 여부

3. 관련법령 및 사례

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 (1999. 12. 28 신설)

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다. (2000. 12. 29 신설)

⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

○ 서면3팀-1661, 2006.8.1.(법규과-3155, 2006.7.31.)

사업자(이하 “주관기관”이라 한다)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관(이하 “전담기관”이라 한다)과 기술개발협약을 체결하여 참여기업(주관기관과 공동연구개발을 수행하는 자)과 공동기술개발을 수행하고 개발된 지적재산권, 실시권 등을 주관기관 및 참여기업에 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 정부 또는 전담기관으로부터 지원되는 정부출연금은 「부가가치세법」 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것이며

이 경우 주관기관이 교부받은 정부출연금을 용역의 공급 등에 대한 대가관계 없이 분담비율에 따라 다시 참여기업에 배정하는 경우 및 참여기업이나 주관기관이 소유한 개발결과물을 자기의 사업에 사용하면서 정부출연금의 일정금액을 기술료로 납부하는 경우에는 「부가가치세법」 제1조의 규정에 의한 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것입니다.

○ 서면3팀-1703,2006.08.04.(법규과-3153,2006.7.31.)

「정보화촉진기본법」에 의하여 정부 연구과제를 수행하는 사업자(이하 “주관기관”이라 한다)가 당해 연구과제 수행결과로 지적재산권을 취득하고, 당해 지적재산권을 활용하고자 하는 사업자(이하 “실시기업”이라 한다)와 실시계약을 체결하여 그 사용대가(기술료)를 받는 경우 「부가가치세법」제7조의 규정에 의한 용역의 공급에 해당되며, 동 사용대가(기술료)에 대하여 실시기업을 공급받는 자로 하여 같은 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부하는 것임