출처 : 국세청 고객만족센터

※ 질의자를 찾습니다.


답변

다음은 귀하의 질의에 대한 답변입니다.

귀 상담의 경우 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)은 수익사업에서 제외되므로 법인세 납세의무가 없는(법인세법시행령 제2조)것으로 귀 법인의 업종이 이에 해당되는지 여부는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표에 의하는 것으로 통계청(www.nso.go.kr ; 전화 042-481-2053, 팩스 042-481-2462) 에 문의바라며,

다만, 귀 질의의 사실관계에 대한 쟁점사항의 구체적인 회신이 필요한 경우 다소 번거롭더라도 서면질의를 통하여 유권해석 받으시기 바랍니다

질의

1.사실관계

(1)당법인은 산업교육진흥 및 산업협력촉진에 관한 법률(이하 “산협법”이라 함)에 근거 설립된 산학협력임.

(2)한편 당법인이 위 산협법의 규정에 따라 수행하는 연구용역중 정부출연기관과의 협약에 따라 수행하는 연구용역이 있는데, 각 연구용역의 종류별로 별도의 관련규정(예:기초과학연구사업처리규정, 중소기업산학협력지원사업, 지역전략산업진흥사업관리지침등)이 있으나, 공통적인 사항을 종합하여 보면 다음과 같이 진행됩니다.

1)국가나 지방자치단체는 산업체나 기관등으로부터 연구용역이 필요한 과제를 신청받아 평가를 거친 후 국책연구과제로 선정합니다.

2)국가나 지방자치단체는 국책연구과제의 수행에 필요한 정부출연금의 관리나 운영을 위해 각 사업별로 전담기관을 지정하는 데 보통 100% 정부출연기관(예:한국과학재단)이 전담기관으로 지정됩니다.

3)위 전담기관은 연구과제를 실질적으로 수행하고 관리할 주관기관과 협약을 체결하는데, 주관기관은 보통 산학협력단이 되며, 가끔 연구과제를 신청한 민간기업체가 주관기관이 되기도 합니다.

4)위 주관기관은 연구용역을 수행하되 필요한 경우 협약을 통해 연구용역의 일부를 참여기관, 또는 위탁연구기관에 위탁하여 수행하게 되는데, 이는 다시 다음과 같은 세가지 유형이 있습니다.

①첫째, 참여기관이나 위탁연구기관이 국책연구과제의 신청 및 선정과정부터 참여하여 국책연구과제로 선정된 경우로서 전담기관과의 협약서에 참여기관이나 위탁연구기관으로 명시된 경우로서 동 참여기관 또는 위탁기관에 배분될 연구비가 책정된 경우.

②둘째, 참여기관이나 위탁기관이 국책연구과제의 신청 및 선정과정부터 참여하여 국책연구과제로 선정된 경우지만, 전담기관과의 협약서에 참여기관이나 위탁기관으로 명시되지 않은 경우로서 동 참여기관이나 위탁기관에 배분될 연구비가 책정되지 않은 경우.

③세째, 참여기관이나 위탁기관이 국책연구과제의 신청 및 선정과정에 참여하지 않은 경우로서, 단순히 주관기관과의 협약 또는 계약에 따라 국책연구과제를 수행하는 경우.


2.질의사항.

위와같이 주관기관(산학협력단이나 민간기업체로)으로부터 참여기관이나 위탁연구기관(다른 산학협력단이나, 다른 민간기업체)이 위탁받아 수행하는 연구용역에 대하여 법인세법상 계약에 의하여 연구용역을 공급하는 것으로 보아 수익사업에 포함시키는 것인지에 관하여 다음과 같은 설이 있어 질의함.

(1)갑설 : ①의 유형은 수익사업에 포함되지 않으며, ②와 ③의 유형은 수익사업에 포함된다.

이유 : 국책연구과제로 선정되어 전담기관과의 협약에 따라 지급받는 연구비는 대가관계가 없는 정부출연금이므로 수익사업에 포함되지 않는 것인데, 당초 국책연구과제의 신청 및 선정과정에 참여하였고 협약서에도 협약의 당사자로 명시되어 있으며, 배분될 금액까지 전담기관의 허가하에 책정된 상태라면 정부출연금의 지급여부와 지급금액이 정부대행기관인 전담기관에 의하여 이미 결정된 상황이므로, 정부출연금이 주관기관을 거쳐 참여기관이나 위탁기관에 지급된다 할지라도 이는 자금관리상의 편의에 따른 것일 뿐이지 실제 전담기관으로부터 정부출연금을 직접 지급받는 것과 하등의 차이가 없으므로 ①의 유형은 수익사업에 포함되지 않는다.
그러나 ②의 유형은 국책연구과제의 신청과 선정과정에서부터 참여하기는 했으나 전담기관과의 협약내용에 협약의 당사자로 명시되어 있지 않고, 배분될 연구비가 책정되어 있지 않은 경우이므로 정부출연금의 지급여부와 지급금액이 정부대행기관인 전담기관에 의하여 이미 결정된 상황이 아니라 정부대행기관이 아닌 주관기관의 참여기관 또는 위탁연구기관과의 별도 계약이나 협약에 따라 결정되는 것이므로 정부출연금을 지급받는 것이라 볼 수 없는 바, 수익사업에 포함되는 것이며,

③의 유형은 국책연구과제의 신청과 선정과정에 관여한 바 없으며, 정부대행기관인 전담기관에 의하여 정부출연금의 지급여부와 지급금액이 결정된 상황도 아니므로 정부출연금을 지급받는 것이 아니라, 단순히 계약에 의하여 대가를 지급받고 연구용역을 제공하는 경우이므로, 수익사업에 포함되는 것임.


(2)을설 : ①과 ②의 유형은 수익사업에 포함되지 아니하며, ③의 유형은 수익사업에 포함된다.

이유 : ①이 수익사업에 포함되지 않는 이유와 ③이 수익사업에 포함되는 이유는 갑설의 내용과 동일함.

그러나 ②의 유형의 경우 비록 전담기관과의 협약서에 협약당사자로 명시되어 있지 않고 배분될 금액이 책정되어 않다 하더라도 국책연구과제의 신청과 선정과정에서부터 참여하였다면 사실상 참여기관과 위탁연구기관이 주관기관과 공동으로 국책연구과제를 따낸 것이므로 공동으로 정부출연금을 지급받는 것이라 보아야 하므로 수익사업에 포함되지 않는 것임(정부대행기관이 아닌 주관기관과의 협약 또는 계약에 의하여 지급여부와 지급금액이 결정되므로 정부출연금을 지급받는 것이 아니라는 것은 지나치게 법적형식에 얽매여 실질을 반영하지 못하는 것임)


(3)병설 : ①, ②, ③유형 모두 수익사업에 포함되지 않는다.

이유 : 참여기업이나 위탁연구기관이 국책연구과제의 신청과 선정과정에 참여하였는지의 여부나 전담기관과의 협약서에 당사자로 명시되지 않고 배분될 금액이 책정되어 있는 지의 여부와 관계없이, 당해 자금은 결국 정부대행기관인 전담기관이 대가관계 없이 주관기관에 출연한 정부출연금에서 지출되는 것이고 참여기관이나 위탁연구기관은 결국 선정된 당해 국책연구과제의 일부분을 수행하는 것임, 즉 실질을 들여다보면 정부출연금을 지급받고 국책연구과제를 수행하는 것이므로 수익사업에 포함시켜야 할 하등의 이유가 없음. 끝.

3.부탁의 말씀.

관련규정의 나열이나 사실관계를 확인하여야 할 사항이라는 답변은 지양하여 주시기 바라며, 사실관계의 확인이 필요한 경우 연락주시면 최선을 다해 확인시켜드리겠습니다.