주 문

○○세무서장이 2007.7.9. 청구법인에게 한 2006년 1기 부가가치세 521,480원의 부과처분 및 2006년 2기 부가가치세 8,952,054원의 환급처분은 ○○마이크론(주) 및 ○○이노텍(주)가 청구법인에게 기부한 기업연구시설 건물의 거래와 청구법인이 ○○마이크론(주) 및 ○○이노텍(주)에게 동 건물을 일정기간 사용토록 한 거래에 대해 면세거래가 아닌 과세거래에 해당하는 것으로 하여 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

① 청구법인과 (재)한국○○○○연구원(이하 “○○○○연구원”이라 한다)은 2004.1.29. ○○○○연구원이 청구법인에게 380억원을 기부하고 청구법인은 위 금원으로 ○○대학교 ○○캠퍼스 내에 게스트하우스 및 제4학생생활관(이하 “쟁점외건물”이라 한다)을 건설하여 ○○○○연구원이 지정하는 자에게 30년간 관리운영권을 부여하는 협약을 체결하고 2006년 2월 건물을 준공하여 (주)△△△△에 관리운영권을 부여하였다.

② 청구법인과 ○○마이크론(주) 및 ○○이노텍(주)(이하 이들을 “청구외법인”이라 한다)는 청구외법인이 ○○대학교 ○○캠퍼스 내에 기업연구시설(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 건축하여 청구법인에게 기부하고 쟁점건물을 25년간 무상사용하기로 하는 협약을 2005.2.2. 체결하였으며, 청구외법인은 동 협약에 따라 2006.5.8. 쟁점건물을 준공하여 기부채납하여 2006.7.6. 청구법인 명의로 소유권보존등기를 하였다.

③ 청구법인은 2006년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 위 ①과 관련하여서는 면세거래로 신고하였고, 위 ②와 관련하여서는 쟁점건물의 기부채납에 대해 과세대상으로 보아 매입세액 공제하고, 쟁점건물가액을 선수임대료로 계상하여 사용기간 동안 안분한 임대료상당액을 매출세액으로 신고하여 2006년 제1기는 2,584,123,813원, 제2기는 387,029,081원의 환급세액을 신고하였다.

④ 처분청은 ②의 거래도 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호 규정에 의한 면세거래에 해당되는 것으로 보아 쟁점건물의 기부채납에 대한 매입세액을 불공제하고 임대료 매출신고분을 매출세액에서 차감하여 2007.7.9. 청구법인에게 2006년 1기 부가가치세 521,480원을 경정고지하였으며 2006년 2기 부가가치세 8,952,054원을 환급하였다.

⑤ 청구법인은 이에 불복하여 2007.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세특례제한법 제106조 제1항 제8호의 입법취지는 재정적으로 취약한 학교가 학교시설을 원활히 취득할 수 있게 하고 당해 학교시설을 이용하는 학생들에게 면세혜택을 주어 그 사용료 부담을 경감하고자 하는 것으로, 쟁점건물은 학생들이 사용하는 학생편의시설(기숙사 또는 구내식당)이 아니라 영리법인들이 연구활동을 수행하고 그 결과를 응용하여 제품생산에 적용하고자 하는 목적으로 건립된 영리법인 연구소에 해당되는바 학생들이 아닌 영리법인이 자가목적으로 사용하게 되어 학생들에게 돌아가는 면세혜택이 발생될 여지가 없으며, 쟁점건물의 거래가 면세거래에 해당한다면 영리법인에게만 그 혜택이 돌아가게 되는 결과를 초래하게 되어 면세도입 취지 및 면세의 제한적 적용원칙에 배치되게 된다.

처분청은 청구법인과 ○○○○연구소 사이에 쟁점외건물이 기부채납 되고 관리운영권이 부여된 것과 동일하게 이 사안을 파악하여 청구법인이 청구외법인에게 쟁점건물에 대한 관리운영권을 부여하였다고 하나, 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호가 따르고 있는 사회기반시설에 대한 민간투자법 제26조에서 “관리운영권”을 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 동법 제22조의 규정에 의하여 준공확인을 받은 경우에 동법 제25조 제1항의 규정에 의하여 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간 동안 동 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 권리로 정의하고 있는바, 쟁점건물을 무상으로 25년간 이용하여 그 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 권리는 협약상 찾아보기 어렵고 사용료 징수모델인 수익사업으로 사업자등록을 한 바도 없으므로 무형의 물권적 권리인 관리운영권은 존재하지 않으며 국세청 해석과 같이 부속토지를 사용할 수 있는 임차권이 있는 것으로 볼 수 있다.

또한 청구법인과 청구외법인은 쟁점건물 이전 시 과세거래로 처리하고 부가가치세를 신고·납부하였고, 청구법인은 기부채납 가액을 선수임대료로 보아 매기 안분된 금액으로 임대료에 대한 부가가치세 역시 신고·납부함으로써 탈루된 세액이 전혀 없으므로 처분청의 이건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점외건물의 이전에 대해 면세거래로 신고하였으며, 이에 처분청은 쟁점외건물의 이전이 조세특례제한법 제106조 제1항 제8조에 의한 면세거래에 해당되지 않는 것으로 보아 국세청장에게 과세기준자문신청을 하여 과세거래로 회신을 받았으나, 청구법인 외 8개 대학교는 공동으로 동일사안에 대해 재정경제부장관에게 질의하여 면세거래로 회신받음에 따라 국세청장은 쟁점외건물의 이전을 면세거래대상으로 변경통지하면서 쟁점건물의 이전도 면세거래에 해당한다고 구두 자문하였고, 그에 따라 처분청이 이건 처분을 하게 되었다.

청구법인은 면세제도의 일반취지인 부가가치세 부담경과 및 역진성 완화를 주장하며 조세특례제한법 제106조 제1항 제8조에 언급되지 않은 면세대상자를 임의로 학생들로 한정하여 유추해석하고 있고, 쟁점건물이 연구목적으로 사용되지 않고 임대업 등에 사용되었다면 그 임대행위는 조세특례제한법에 의한 면세거래에 해당하는 것인데 쟁점건물을 이용하여 학생들에게 재화나 용역을 공급하는 것이 아니라는 이유로 과세거래대상으로 주장함은 부당하며, 재정경제부의 유권해석은 당해 건물을 이용하여 공급하는 재화 또는 용역뿐만 아니라 대학교의 관리운영권에도 적용된다는 내용으로서 쟁점건물과 쟁점외건물 모두는 준공과 동시에 소유권이 청구법인에게 귀속되어 무상사용수익권을 인정한 경우이므로 동일하게 면세거래를 적용하여야 한다.

또한 학교시설인 쟁점건물은 교육과 연구 그리고 생산을 유기적으로 연계시키는 연구시설로서 학생과 교수, 학교의 연구능력에까지 영향을 미치므로 영리법인만을 위한 시설이라고 할 수 없고, 시설관리운영권의 정의에 있어서도 사용수익자가 시설을 유지·관리하는 것으로 족하지 반드시 시설사용자로부터 사용료를 징수한 경우에만 시설관리운영권이 존재한다고 볼 수 없는 등 쟁점건물의 이전거래에 대해 조세특례제한법 제106조 제1항 제8조를 적용한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인이 쟁점건물을 무상으로 기부채납받고 기부자에게 무상사용수익토록 한 것에 대해 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호가 적용되는 면세거래로 본 처분의 당부

나. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제7조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

○ 부가가치세법 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

○ 부가가치세법 시행령 제14조【재화공급의 범위】

① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 현금판매ㆍ외상판매ㆍ할부판매ㆍ장기할부판매ㆍ조건부 및 기한부판매ㆍ위탁판매 기타 매매계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것

3. 재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제48조【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제49조의2【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】

④ 사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 소득세법 시행령 제51조 제2항의 규정을 준용한다.

○ 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제106조【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의 2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2007년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다. (2005. 12. 31. 후단개정)

8. 교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설된 학교시설(「고등교육법」 제2조의 규정에 의한 학교시설에 한한다)을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역 (2005. 12. 31. 신설)

○ 조세특례제한법 (2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) 제106조【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의 2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.

8. 교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설된 학교시설(「고등교육법」 제2조에 따른 학교시설에 한한다)에 대하여 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 그 추천을 받은 자가 그 학교시설을 이용하여 제공하는 용역 (2007. 12. 31. 개정)

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제1조【목적】

이 법은 사회기반시설에 대한 민간의 투자를 촉진하여 창의적이고 효율적인 사회기반시설의 확충·운영을 도모함으로써 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로한다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "사회기반시설"이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

조. 초·중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조제1호 내지 제5호의 규정에 의한 학교

9. "사용료"라 함은 사용료·이용료·요금등의 명칭에 불구하고 사회기반시설의 이용자가 당해시설의 사업시행자에게 시설이용의 대가로 지불하는 금액을 말한다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조【민간투자사업의 추진방식】

민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되는 방식

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제26조【사회기반시설의 관리운영권】

①주무관청은 제4조제1호 또는 제2호에 규정한 방식에 의하여 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조의 규정에 의하여 준공확인을 받은 경우에는 제25조제1항의 규정에 의하여 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간동안 동 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권(이하 "관리운영권"이라 한다)을 당해 사업시행자에게 설정할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제27조【관리운영권의 성질등】

①관리운영권은 이를 물권으로 보며, 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 민법중 부동산에 관한 규정을 준용한다.

○ 고등교육법 제2조【학교의 종류】

고등교육을 실시하기 위하여 다음 각호의 학교를 둔다.

1. 대 학

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다.

(가) 쟁점건물은 청구외법인의 연구시설인 연구소로만 사용되고 있으며, 쟁점외건물 중 게스트하우스는 유사호텔로, 쟁점외건물 중 제4생활관은 기숙사로 사용되고 있는 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.

(나) 청구법인과 ○○○○연구원간에 2004.1.29. 체결된 쟁점외건물에 대한 협약서의 주요내용은 아래와 같다.

“관리비 등”이라 함은 시설물의 이용자가 납부하는 관리비, 사용료 및 보증금 등 시설물의 이용자로부터 그 이용의 대가로 징수하는 일체의 금원을 말하고, “관리용역수수료”라 함은 관리운영대행용역을 수행하는 대가로 관리비 등으로써 관리운영대행자에게 지급하여야 하는 용역수수료를 말하며, “관리운영대행자”라 함은 ○○○○연구원 또는 ○○○○연구원이 지정하는 자 중에서 시설물에 관한 관리운영업무에 대하여 청구법인을 위하여 대행하는 자를 말하고(제2조), ○○○○연구원은 게스트하우스 93실, 교육시설, 복지시설 등의 시설물을 신축하고 시설물의 소유권 및 관리운영권은 청구법인에게 귀속되며(제3조), 청구법인은 관리운영대행자에게 시설물의 관리 및 운영에 관한 업무의 대행, 관리비등의 징수업무에 대한 협조를 할 수 있는 자격 및 권한과 권리를 지정, 승인, 설정 및 부여하고(제13조), 관리운영대행자의 관리운영대행기간은 운영개시일로부터 30년간으로 하며(제14조), 복지시설과 청구법인이 사용하기로 한 시설에 해당하지 않는 게스트하우스 및 컨퍼런스룸에 대한 관리비등의 부과기준은 ○○○○연구원이 청구법인의 의견을 고려하여 정한다(제18조).

(다) 청구법인과 청구외법인간에 2005.2.2. 체결된 쟁점건물에 대한 협약서의 주요내용은 아래와 같으며, 쟁점건물은 2006.5.8. 준공되어2006.7.6. 청구법인 명의로 소유권보존등기되었다.

청구법인이 청구외법인의 연구시설건립에 협력하여 교육, 연구, 생산 및 소비가 유기적으로 연계된 학·연·산 혁신클러스트를 성공적으로 구축함으로써 국가의 산업경쟁력 강화와 국제경쟁력 강화와 국제경쟁력 제고에 이바지하고(제1조), 청구외법인은 연면적 약 5,500평의 연구시설을 건축하여 청구법인에게 기부하며(제3조), 청구외법인은 연구시설을 완공하여 청구법인에게 인도하여야 하고 귀속되는 시기는 건물이 완공되어 사업승인을 득한 날로 하며(제4조), 쟁점건물이 청구법인에게 귀속된 시기로부터 25년간 무상으로 사용수익을 허가하고, 무상수익기간 만료 후 청구외법인이 계속 사용하는 때에는 협상하여 사용료를 청구외법인에게 부과하며(제5조), 청구법인과 청구외법인은 학,연,산 클러스터 사업단을 통해 상호 협동 연구진흥에 필요한 편의제공 및 여건조성에 최선을 다한다(제8조).

(라) 청구법인은 쟁점외건물의 거래에 대해서는 면세거래로, 쟁점건물의 거래에 대해서는 과세거래로 신고하였고, 이에 대해 처분청은 쟁점외건물의 거래에 대해 국세청장에게 질의하였는바 국세청장은 과세거래에 해당한다고 해석하였으며, 이에 청구법인외 8개 대학은 쟁점외건물의 이전 및 임대용역과 관련하여 재정경제부장관에게 “①민간사업시행자가 학교법인의 명의로 건물준공(현금투자) 후 학교법인으로부터 일정기간 관리운영권을 부여받는 방식이 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호에 규정하는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제1호의 방식(BTO)을 준용하는 방법에 해당하는지 여부”와 “②학교법인이 민간사업시행자가 기부채납(현금투자 포함)하는 대가로 사업시행자에게 관리운영권을 부여하는 임대용역(간주임대료)에 대해 부가가치세가 면제되는지 여부”를 질의하였고 재정경제부장관은 “①의 경우「조세특례제한법」제106조 제1항 제8호에서 규정하는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호에 의한 민간투자방식사업에 해당되고, ②관리운영권(간주임대료)의 경우 부가가치세가 면세되는 것”이라고 유권해석하였다.

이에 따라 처분청은 쟁점외건물에 대해 면세거래로 변경하면서 쟁점건물에 대해서도 쟁점외건물과 달리 볼 사유가 없는 것으로 보아 면세거래로 판단하여 이 건 부가가치세를 경정하였다.

(2) 재정경제부장관이 2005.12.31. 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호를 신설한 취지 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에서 규정한 내용들을 살펴보면 아래와 같다.

(가) 재정경제부장관은 사립학교의 민자유치 4개 사업을 지원하는 차원에서 ‘건설(Build, 부가가치세 불공제) - 이전(Transfer, 부가가치세 면제) - 운영(Operation, 부가가치세 면제)’의 단계에 부가가치세를 면제(재정경제부 2006년 개정세법 해설)하기 위하여 재정경제부 공고 (2005.9.7., 사립대 민자 학교시설 운영사업에 대한 한시적인 부가가치세 면제를 통하여 사립대학교 학교시설 민간투자사업을 지원하고 기숙사를 이용하는 학생의 비용경감을 지원하고자 함)를 통해 면세 규정인 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호〔“교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설된 학교시설(「고등교육법」 제2조의 규정에 의한 학교시설에 한한다)을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역”〕를 2005. 12.31. 신설하였다가, 시설관리운영권에 대하여도 감면해 줌으로써 학생의 학교시설 이용(기숙사 등)에 따른 부담을 경감하기 위하여 2007.12.31. 동 조문을 “교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설된 학교시설(「고등교육법」 제2조에 따른 학교시설에 한한다)에 대하여 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 그 추천을 받은 자가 그 학교시설을 이용하여 제공하는 용역”으로 개정하였다.

(나) 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제1호는 “사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)”을 말하고, 동법 제26조에서는 ‘사회기반시설의 관리운영권’에 대해 “사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간동안 동 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권을 당해 사업시행자에게 설정할 수 있다”라고 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계와 전시한 관계법령을 종합하여 본다.

(가) 부가가치세법령은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것과 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것을 과세거래로 하고 있고, 부가가치세 과세표준에 대해서는 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가로, 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급재화 또는 용역의 시가로 하면서 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액을 과세표준으로 규정하고 있는바, 타인의 토지위에 건물을 신축하여 일정기간 사용후 소유권을 무상으로 이전하기로 한 경우 또는 무상으로 이전후 일정기간 동안 사용하기로 한 경우, 당해 건물의 가액은 사용료의 선급으로 보기 때문에 사용계약기간에 안분하여 건물 신축자의 손금에 산입하는 것이며(법인세법기본통칙 19-19…12 참조), 토지 소유자의 입장에서는 건물신축비 상당액의 임대료를 미리 받은 결과가 되므로 동 건물신축비 상당액은 토지 소유자의 선수임대료로서 소득세법시행령 제51조 제1항의 규정에 따라 사용계약기간에 안분하여 임대사업의 총수입금액에 산입하는 것이 타당하다 할 것으로 기부채납에 의한 건물의 이전 및 기부채납후 건물신축자가 건물을 사용하는 것은 부가가치세법의 과세거래에 해당됨을 알 수 있다.

(나) 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호에서는「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제1호(준공과 동시에 당해시설의 소유권을 이전하고 사업시행자에게 일정기간 시설관리운영권을 인정하는 방식)만을 부가가치세 면제 대상으로 규정하면서 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제2호 내지 제4호(준공과 동시에 소유권을 이전하고 사업시행자에게 시설관리운영권을 인정하되 소유권을 이전받은 자가 임차하여 사용하는 방식, 시설준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간만료시 시설소유권이 이전되는 방식 등)를 부가가치세 면제대상에서 제외함으로써 면세대상을 제한하고 있는 점, 쟁점건물의 이용 모형은 청구외법인(사업시행자)이 청구법인에게 기부한 후 청구외법인이 직접 연구시설로 사용하고 그 연구결과물을 청구외법인의 제품개발에 응용토록 하는 모형으로서 유사호텔 및 기숙사로 사용되는 쟁점외건물의 기부채납과는 그 이용 모형이 다를 뿐 아니라, 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호에서 준용토록 한 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식에 의한 ‘사회기반시설의 관리운영권’에 대해 동법 제26조는 “해당 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 것”으로 규정하고 있음에 비해 이 건 쟁점건물은 청구외법인이 직접 사용하는 관계로 사용료 등 수익의 발생없이 연구시설로 운영하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 사업시행자가 학교시설(기숙사, 식당 등)을 건축하여 소유권을 학교법인으로 이전하고 관리운영권을 취득하여 운영하는 단계를 면세거래로 규정한 조세특례제한법 제106조 제1항 제8호의 신설취지는 최종적으로 소비자인 학생들(시설사용자)에게 면세혜택을 주기 위한 것이라 하겠으므로 쟁점건물의 사용에 따른 면세혜택을 볼 시설사용자가 없는 쟁점건물의 거래를 면세거래로 보기에는 조세특례제한법 제106조 제1항 제8의 신설취지와 부합하지 않는 것으로 판단된다.

(다) 따라서 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이므로 쟁점건물의 이전 및 임대용역에 대해 부가가치세 과세거래가 아닌 면세거래로 본 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.