주 문

심판청구를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 ○○광역시 ○구 ○○동 520-2번지에서 ‘학교법인 ○○대학교 ○○병원’이라는 상호로 보건업/주차장, 소매업 등을 영위하고 있는 법인으로, 청구법인 부설 주차장에 대하여 주식회사 ○○(이하 “청구외법인”이라 한다)과 주차장 시설과 주차차량관리업무 및 정문 보안경비 등 주차시설 제반관리용역도급계약을 체결하고, 2002년 제2기부터 2007년 제1기 부가가치세 과세기간까지 병원주차장 관리용역비를 청구외법인에게 지급하고 관련 매입세금계산서(공급가액 769,988천원, 이하 “쟁점매입금액”이라 한다)를 수취하여 전액 과세사업과 관련된 매입세액으로 보아 위 매입세금계산서의 매입세액 76,998천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 각 과세기간별로 구분하여 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

○○지방국세청장은 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 쟁점금액은 면세사업인 의료사업과 과세사업인 주차장 사업에 공통되는 매입세액에 해당한다 하여 의료사업의 수입금액과 과세사업의 공급가액의 비율로 쟁점금액을 안분하여 면세사업에 해당하는 매입세액 67,117천원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 불공제하도록 처분청에 과세자료로 통보하였다.

처분청은 동 과세자료에 근거하여 청구법인에게 2008.1.12. 부가가치세 2002년 제2기분 10,903,930원, 2003년 제1기분 5,659,430원, 2003년 제2기분 5,659,110원, 2004년 제1기분 5,607,430원, 2004년 제2기분 8,408,270원, 2005년 제1기분 7,983,660원, 2005년 제2기분 5,218,680원, 2006년 제1기분 -89,870원, 2006년 제2기분 -1,127,260원, 2007년 제1기분 -107,350원을 각각 경정 결정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2008.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인은 병원환자와 응급실 내원차량에 대하여 4시간 무료로 주차하게 하면서, 4시간을 초과하는 환자관련 차량과 기타 병원용 차량 및 일반차량에 대해서는 주차요금을 징수하는 유료화 주차장으로 변경하면서 주차요금 징수 및 안전사고예방 등 주차장 통제를 위하여 주차장을 전문적으로 유지·관리하는 사업체인 청구외법인과 주차장시설 등 관리용역도급계약을 체결하여 운영하고 있으나, 청구법인의 부설 주차장의 수입금액에 대하여는 의료사업의 수입금액과 별개로 회계를 구분하여 처리하고 있으므로 주차장사업은 의료사업과 별개의 과세사업으로 보아야 하고, 또한 환자 및 응급실 내원차량에 소정시간 받지 않은 것은 주차용역을 면세사업인 의료업에 제공하는 용역의 자가 공급에 해당함에 따라 부가가치세 과세대상이 아닌 것인 점에서 주차장의 위탁운영과 관련된 매입세액인 쟁점금액은 과세사업인 주차장에만 귀속되는 것이므로 쟁점매입세액도 공제대상임에도 불구하고 처분청이 쟁점금액을 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 보아 의료사업의 수입금액과 과세사업의 공급가액 비율로 쟁점금액을 안분하여 면세사업에 해당하는 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 운영하는 병원 내 주차장은 의료법에 의한 병원의 필수시설이 아닐지라도 청구법인이 환자 외 일반인 등의 차량에 대하여 주차료를 징수하는 것은 일반적으로 주차장 업을 주업으로 하는 사업자와 같이 일반인에게 주차공간을 제공하고 수입을 얻기 위한 것이라기보다는 그 설치 목적이 병원에 진료수입(면세사업)을 가져다주는 환자 등에게 일정시간 주차편의(서비스)를 제공함으로써 실질적으로 병원의 진료수입을 증대시키기 위한 필수불가결한 시설로 봄이 타당한 점에서 청구법인이 운영하는 병원 내 주차장사업을 의료사업과 별개의 사업으로 볼 수 없는 것이며, 청구법인이 의료법에서 의료업과 부대사업(주차장업)의 수익에 관한 회계처리를 달리한 것은 의료업 수입과 부대사업의 수익을 별도로 계산하기 위한 편의적·형식적 구분에 지나지 않고, 또한 청구법인의 주차장은 면세사업인 의료시설과 공간적으로 별도로 구분되지 아니하고 있으며, 환자와 응급실 내원차량에게 소정시간 주차료를 받지 아니한 것은 병원지료수입을 증대시키는 서비스의 일환으로 주차장 관리 운영비용은 병원진료수입(면세사업)의 창출 및 증대를 위하여 병원이지출하는 부대비용인 성격으로 보이며, 또한 실제 과세사업으로 볼 수 있는 일반차량에 대한 주차수입도 존재하고 있는 점 등으로 볼 때 쟁점금액은 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장 업에 공통되는 매입세액으로서 부가가치세법상 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당되므로 의료사업의 수입금액과 과세사업의 공급가액 비율로 안분하여 면세사업에 해당하는 쟁점매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점매입세액을 면세사업 관련 매입세액으로 보아 과세사업(주차장 사업)의 매출세액에서 불 공제를 한 처분의 당부

나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제7조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

④ 제1항에 규정하는 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제12조【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1~3의 2. 생략.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

①사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

○ 부가가치세법시행령 제19조【용역의 자가 공급】

① 법 제7조 제2항의 규정에 의하여 자가 공급으로 과세되는 용역은 당해 용역이 무상으로 자가 공급되어 다른 동업자와의 과세형평이 침해되는 경우의 재정경제부령이 정하는 용역에 한한다.

○ 부가가치세법시행령 제29조【의료보건용역의 범위】

법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1. 의료법에 규정하는 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역

2. 의료법에 규정하는 접골사·침사·구사 또는 안마사가 제공하는 용역

3. 의료기사등에관한법률에 규정하는 임상병리사·방사선사·물리치료사·작업치료사·치과기공사 또는 치과위생사가 제공하는 용역

4. 약사법에 규정하는 약사가 제공하는 의약품의 조제용역

○ 부가가치세법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 청구법인의 부설 주차장에 대하여 청구외법인과 주차장 시설과 주차차량관리업무 및 정문 보안경비 등 주차시설 제반관리용역도급계약을 체결하고, 2002년 제2기부터 2007년 제1기 부가가치세 과세기간까지 병원주차장 관리용역비를 청구외법인에게 지급하고 쟁점매입세금계산서(공급가액 769,988천원)를 수취하여 과세사업과 관련된 매입 분으로 보아 쟁점금액 전체를 매출세액에서 공제하여 신고하였으나, 처분청은 쟁점금액이 면세사업인 의료사업과 과세사업인 주차장사업에 공통되는 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 의료사업의 수입금액과 과세사업의 공급가액의 비율로 쟁점금액을 안분하여 면세사업에 해당하는 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하여 과세한 것으로 청구법인이 제시한 주차관리도급계약서 및 결정결의서에 나타나고 있다.

(2) 청구법인의 법인등기부 등본에 의하면, 청구법인의 주 사업은 의료업으로 기재되어 있는 반면에 주차장 업은 고유 업무에 없는 것으로 나타나고 있으며, 청구법인이 제시한 청구법인과 청구외법인간에 체결된 청구법인의 부설 주차장에 대한 업무도급계약서(2005.8.18.)를 보면, 제1조에 “청구법인의 사업장의 주차서비스 관리를 수임하여 관리업무를 성실히 수행하여 청구법인의 대고객 서비스 증진에 기여하도록 하는 것을 목적으로 한다.”라고 약정하면서 청구외법인에게 청구법인 부설 주차관리용역을 도급준 것으로 나타나고 있다

(3) 부가가치세법 제7조 제1항에 의하면, 부가가치세 과세대상인 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 정의하고 있어 청구법인의 주차장 운영방식과 같이 일반인에게 주차장 사용에 대한 용역을 제공하고 주차요금을 징수하는 것은 부가가치세 과세사업인 반면, 부가가치세법 제12조 제1항 제4호에 의하면 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)은 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고 있어 청구법인은 면세사업인 의료사업과 과세사업인 주차장사업을 겸업하고 있는 사업자임을 알 수 있다.

(4) 청구법인의 주차장은 면세사업인 의료시설과 공간적으로 별도로 구분되어 있지 않고 또한 사업자등록을 별도로 한 사실이 없는 것으로 나타나고 있으며, 주차관리도급계약 목적이 청구법인의 환자 및 내방객에게 주차 편의를 제공하고 주차장을 효율적으로 운영함을 목적으로 하고 있는 점으로 볼 때 청구법인이 청구외법인에게 지출한 주차장 관리 운영비용은 환자와 응급실 내원차량에게 소정시간 주차료를 받지 아니한 것은 병원질료수입을 증대시키기 위하여 환자 등에 게 주차시설을 일정한도 내에서 제공하는 서비스 일환으로 병원진료수입(면세사업)의 창출 및 증대를 위하여 병원이 지출하는 부대비용인 성격으로 보이고, 또한 일정시간초과차량이나 일반차량에 대한 주차료 징수와 관련된 과세사업의 수입도 존재하고 있는 점 등으로 볼 때 주차장의 관리용역 대사인 쟁점금액은 면세사업인 의료사업과 과세사업인 당해 주차장사업에 공통되는 매입세액으로서 부가가치세법상 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입액에 해당되는 것으로 판단된다.

(5) 부가가치세법 제61조 제1항에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 공통매입세액에 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있다.

(6) 위의 사실관계와 관련규정을 종합하여 보면, 청구법인이 운영하는 병원 부설 주차장은 병원의 의료사업과 다른 별도의 사업으로 보기 보다는 병원의 부대시설로 보는 것이 타당한 점, 청구법인과 주차관리업체간의 용역체결내용에 의하면 청구법인의 대고객(환자 및 내방객)에게 주차 편의 서비스 제공 및 주차장의 효율적 운영을 목적으로 약정되어 있어 청구법인의 주업인 의료사업을 원활히 수행하기 위한 것과 일반차량에 대한 주차료 징수와 관련된 과세사업의 수입도 존재하고 있어 면세사업인 의료사업과 과세사업인 주차장사업에 공통되는 금액으로서 부가가치세법상 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당되는 점, 부가가치세법 제61조 제1항에 의하면, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 공통매입세액에 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있어, 처분청이 쟁점금액을 면세사업인 의료사업과 과세사업의 공통매입액으로 보아 면세사업인 의료사업의 수입금액과 과세사업인 주차장사업의 공급가액 비율로 안분하여 면세사업에 해당하는 쟁점매입세액을 불공제하여 청구법인에게 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.