연구용역비의 원천징수관련하여..
작성자김영찬
작성일Feb 23, 2009
출처 : 국세청 고객만족센터 답변일자 : 2009-02-20
질의
국립대학교
대학원생입니다.
국가기관에서 발주한 연구용역에 낙찰되어
학교명으로 계약하여 완료가 되어 최종 연구용역비를 학교에서 수령하였습니다.
학교에서 수령한 연구용역비를 정산하여 지급하는데...
이에 연구중 인건비와 각종경비를 정산하는 과정중에
인건비에 대해
기타소득으로 원천징수를 하는 것은 이해가 가나
실제로 사용한 제 경비에 대해서도 기타소득으로 원천징수한 후에
수령을 받았습니다.
따라서 경비에서는 실제 지출보다 수령액이 적게 되는 상황이 발생했습니다.
연구용역비 전체에 대해 과세하는 것이 맞는 것인지
아니면 인건비에 대해서만 과세하는 것이 맞는 것인지 궁금합니다.
답변
귀 상담건과 관련하여 질문의 내용이 다소 불분명하나, 대학이 연구주체가 되어 외부로부터 연구개발용역을 위탁받아 연구비를 직접 관리하는 경우로서, 고용관계에 따른 근로제공과 관련없이 교수가 연구활동의 대가로 지급받는 금액으로 보아 지급받은 금액을 기타소득으로 본 것으로 판단되며(서면1팀-978, 2005.08.17),
동 소득을 지급하는 자는 지급액에서 80％를 필요경비로 공제한 소득금액의 20％를 기타소득세로 원천징수하는
것입니다.
귀 상담의 경우 다음의 연구개발용역에 대한 세원관리 지침을 게재하오니 참고하시기 바랍니다.
교수등이 독립된 자격으로 연구용역을 제공하고 받는 대가는 그 재원이 어디에 있는 지에 관계없이 소득세 과세되며,
1. 대학이 연구주체가 되어 연구비를 직접 관리하는
경우(중앙관리)
o 교수가 연구용역 제공의 대가로 받는 금액(고용관계에 따른 근로제공과 관련없이 외부에 제공하는
연구용역대가)
⇒ 연구활동비ㆍ연구수당 등 명칭여하에 불구하고 기타소득으로 과세
※ 교육부ㆍ학술진흥재단ㆍ과학재단 등에서 지원받는 연구비 포함.
o 연구목적의 고용관계 없는 연구보조원등이 받는 연구비
⇒ 연구소와 고용관계 없는 대학생 또는 다른 대학교ㆍ연구소 소속교수 등이 연구업무를 수행하고 받는 금액은
명칭여하에 불구하고 기타소득으로 과세
o 연구소에서 연구목적으로 고용한 연구원 등이 받는 인건비
⇒ 급여ㆍ수당ㆍ장학금 등 명칭여하에 불구하고 근로소득으로 과세
※ 지급자인 대학교의 원천징수 및 지급조서제출의무 있음.
※ 고용관계가 있는지 여부의 판단기준
- 업무에 대한 거부를 할 수 있는지, 시간적ㆍ장소적 제약을 받는지, 업무수행과정에서 구체적 지시를 받는지,
복무규정의 준수의무가 있는지에 따라 종합적으로 판단(소득46011-2004, 1996. 7. 12)
2. 교수등 개인이 연구주체가 되어 연구비를 관리하는
경우(개별관리)
□ 교수등이 받은 연구용역대가 총액을 사업소득으로 과세
가. 대학이 연구계약을 체결하고 대가를 수령한 경우
o 기업으로부터 받은 연구용역대가 총액에서 대학이 연구간접경비로 공제하고 교수에게 지급하는 금액이
“사업소득 수입금액”임.
나. 교수 개인이 연구계약을 체결하고 대가를 직접 수령한 경우
o 기업으로부터 받은 연구용역대가 총액이 “사업소득 수입금액”임.
o 당해 교수는 사업장 관할 세무서에 별도의 사업자 등록을 하고
- 장부의 비치ㆍ기장의무에 따라 기장한 내역과 증빙자료를 근거로 소득세를 신고ㆍ납부해야 하며
※ 기장없이 신고하는 경우 표준소득률에 의해 과세
- 계산서교부 및 매입매출처별합계표 제출의무가 있음. → 의무 불이행시 가산세가 부과됨.
Ⅰ. 목 적
이 지침은 대학교부설연구소의 세적관리 및 대학교 또는 부설연구소가 제공하는 연구개발용역에 대한 세법적용과 소속교수
등 연구원이 연구활동의 대가로 지급받는 연구비에 대한 과세기준을 명확히하여 이를 신고지도 등에 활용함으로써 납세편의를 제공하고 과세의 공정성을
도모하는 데 그 목적이 있음.
Ⅱ. 부설연구소에 대한 세적관리
1. 국립대학교 부설연구소
가. 법정연구소
국립대학교 설치령에 의하여 설립된 법정연구소는 대학교 조직의 일부로서 대학교의 사업자등록번호(고유번호)를 함께
사용하되
- 연구소별로 별도의 등록번호(83 :국가기관)가 기 부여된 경우 그대로 사용하고
- 앞으로도 별도의 등록번호를 신청하는 경우 별도의 번호를 부여
※ 국가기관(83)이 아닌 비영리법인의 등록번호(82)가 부여된 경우 → 등록번호를 83으로 정정교부
나. 비법정연구소
국립대학교 자치령(학칙)에 의하여 설립된 비법정연구소는 학교와 구분하여 별개의 조직(법인 또는 개인)으로 보아야
함.
1) 법인연구소(법인으로 보는 단체포함)
비영리법인으로 설립되었거나, 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체에 해당하는
연구소는
- 비영리법인의 사업자등록번호(82)를 부여
※ 국가기관의 등록번호(83)가 부여된 경우 → 비영리법인의 등록번호(82)로 정정교부
〈참 고〉국세기본법에 의해 법인으로 보는 단체
① 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 단체로서 등기되지 아니한
것
② 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
③ 위 “① 및 ②”의 법인으로 보는 단체외의 법인격없는 단체중 다음의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자 또는
관리인이 관할세무서장의 승인을 얻은 단체
㉮ 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은
것
㉯ 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
㉰ 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
2) 법인으로 보지 아니하는 임의단체인 연구소
연구소를 거주자(개인사업자)로 보아 사업자등록번호를 부여하되
- 책임연구원인 교수가 다수인 경우 이익분배비율 유무에 따라 공동사업자 또는 1거주자로 봄.
ㆍ이익의 분배방법이 정하여진 경우 : 공동사업자로 봄.
ㆍ이익의 분배방법이 없는 경우 : 1거주자로 봄.
2. 사립대학교 부설연구소
가. 대학의 정관에 의하여 설립된 연구소
대학교 조직의 일부로 보아 대학교의 번호를 함께 사용토록 하되
- 연구소별로 별도의 등록번호(82)가 부여된 경우 그대로 사용
- 앞으로도 별도의 등록번호를 신청하는 경우 별도의 번호를 부여
나. 대학의 일부로 보지 아니하는 연구소
(학칙에 의한 총장승인 등으로 설립된 연구소)
1) 법인인 연구소(법인으로 보는 단체포함)
연구소별로 각각 등록번호(82)부여 ［1-나-1) 참조］
2) 법인으로 보지 아니하는 임의단체인 연구소
이익의 분배방법 유무에 따라 공동사업자 또는 1거주자로 봄.［1-나-2］참조］
※ 대학이 연구주체가 되어 연구비를 중앙관리하는 경우 연구소의 세적관리
ㆍ 대학이 연구용역의 주체가 되어 연구용역제공 계약을 체결하고 대가를 수령하여 예산에 편입하고 연구비를 지급시마다
건별로 직접 관리함으로써 부설연구소가 연구비를 독립적으로 개별관리하지 아니하는 경우 → 연구소를 별도의 사업자로 보지 않으므로 사업자등록의무
없음.
Ⅲ. 대학 및 연구소에 대한 법인세 등 과세
1. 대학교에 대한 과세
대학교가 자기 책임아래 기업 등 외부와 연구개발용역제공 계약을 체결하고 그에 대한 대가를 수령하는 경우 학교법인의
수익사업에 포함하여 법인세를 과세함.(법인세법 제1조 제1항 제1호, 시행령 제2조 제1항 제2호, 기본통칙 1-1-16…1)
- 다만, 국ㆍ공립대학(대학 조직의 일부로 보는 법정연구소 포함)은 국가 또는 지방자치단체에 해당하므로 법인세
납세의무가 없음.(법인세법 제1조 제4항)
□ 연구주체 및 연구비 관리형태별 수입금액 계산
가. 대학이 연구주체가 되어 연구비를 직접 관리하는 경우(중앙관리)
→ 대학이 연구용역계약을 체결하고 외부로부터 받는 연구비총액이 수익사업의 수입금액임.
나. 교수등 개인이 연구주체가 되어 연구비를 관리하는 경우(개별관리)
o 연구용역대가를 대학이 받아 연구소에게 인계하는 경우 → 연구비수령액 총액을 수익사업의 수입금액임.
* 대학에서 연구발전기금등 연구간접경비(Overhead cost)로 공제하고 연구소에 인계하는 금액은
손금산입
o 연구용역대가를 교수등이 받아 일정액을 대학에 납부하는 경우 → 대학이 징수하는 연구간접경비가 수익사업의
수입금액임.
□ 연구비의 대학교 「중앙관리」
대학이 주체가 되어 총ㆍ학장명의로 계약을 체결하고 받은 연구용역대가를 예산에 편입한 후
- 연구비 지출을 교수등이 제출한 연구비실행예산서 또는 구매요구서에 의하여 대학이 직접 집행ㆍ정산하는
제도
※ 국립대학의 경우 예산에 준하여 대학이 건별로 집행ㆍ관리
□ 연구비의 교수등 연구소 「개별관리」
대학이 받은 연구용역대가에서 5∼20％의 연구간접경비를 공제하고 교수등 연구원에게 지급한 후
- 연구비의 관리는 교수등 연구소의 책임연구원이 대학과 관계없이 독립적으로 집행ㆍ정산하는 제도
※ 교수등이 연구비를 직접 수령하여 대학에 일정액의 연구간접경비를 납부하고 연구비를 직접 집행관리하는 경우
포함.
2. 연구소에 대한 과세
대학이 연구용역의 주체가 되어 연구비를 중앙관리하지 아니하고 교수 개인이 연구비를 직접 관리하는 경우 과세문제가
발생함.
가. 법인으로 보는 연구소
대학으로부터 받는 연구비를 수익사업의 수입으로 보아 법인세 과세
- 기업으로부터 직접 받는 경우 총액을 수입으로 계상하고 대학에 납부하는 연구간접경비는 비용으로 처리
나. 법인으로 보지 아니하는 임의단체인 연구소
책임연구원인 교수 개인에게 소득세(사업소득)를 과세하는 것이나
- 책임연구원이 다수인 경우에는 다음과 같이 공동사업자 또는 1거주자로 과세
1) 책임연구원간에 이익의 분배방법이 정하여진 경우
개인공동사업자로 보아 과세
※ 연구소 구성원별로 종합소득세 신고ㆍ납부의무 있음.
2) 이익의 분배방법이 없는 경우
연구소를 1거주자로 보아 과세
* 연구소 구성원에 대한 종합소득세 신고ㆍ납부의무 없음.
〈참 고〉
□ 과세대상 상업적 연구개발용역
ㆍ 특정인으로부터 수수료 또는 계약에 의하여 자연과학ㆍ인문 및 사회과학분야에 관한 연구개발을 하고 대가로 받는
사업(법인세법 기본통칙 1-1-16…1)
- 법인세법 및 소득세법에서 과세대상으로 하고 있는 상업적 연구개발업은 한국표준산업분류표상의
연구개발업(73)중
ㆍ 연구개발에 대가관계가 없는 「비상업적 인문 및 사회과학 연구개발업(73202)」을 제외하고
ㆍ 상업적이라고 표현한 「인문 및 사회과학 연구개발업(73201)」 뿐만 아니라 자연과학분야의
연구개발용역(73101∼9)을 포함하여
- 대가관계 있는 모든 연구개발행위는 금액의 다과 및 계약당사자가 누구인지 등에 관계없이 과세대상인 수익사업에
해당함.
〈과세대상 수익사업소득에 포함되는 것〉
- 대학교가 기업등으로부터 받은 「연구기부금」중 연구용역제공의 대가에 해당하는 금액
- 교수등이 독립된 자격으로 연구주체가 되어 연구용역을 제공하고 받는 금액중 대학교가 연구간접경비 명목으로
징수하는 금액
□ 과세대상에서 제외하는 비상업적 연구개발업
o 한국표준산업분류표 73202
- 교부금ㆍ보조금ㆍ기부금 등 각종 기금에 의하여 자연과학, 인문 및 사회과학분야에 관한 연구개발을 주로 하는
산업활동 ⇒ 따라서 기초과학분야 등 순수학문적 연구활동을 지원하기 위해 교육부ㆍ학술진흥재단ㆍ과학재단 대학발전기금 등이 개별적 반대급부 조건없이
대학에 지급하는 교부금ㆍ기부금ㆍ보조금 등은 비상업적으로 보아 과세대상이 아님.
※ 교수가 연구업무를 수행하고 받는 대가는 기타소득임.
□ 연구용역의 상업적ㆍ비상업적 구분은
- 계약의 체결 및 연구용역 제공의 주체인 대학교 및 연구소 등 단체에 대한 법인세 및 사업소득세의 과세상
문제이며
- 교수 개인이 대학의 고용관계와 직접 관련없이 독립된 자격으로 학술연구용역
ㆍ기술연구용역 등을 제공하고 그 대가를 받는 경우에는 금액의 다과 및 지급재원이 어디에 있는 지에 불구하고 모두
기타소득으로 과세하는 것임.
ㆍ 관련법령 : 소득세법 제19조 제1항 제19호ㆍ시행령 제41조 제5항 부가가치세법 제12조 제1항
제13호ㆍ시행령 제35조
※ 비상업적 연구보조금에 대한 과세기준 (예시)
o 학술진흥재단ㆍ과학재단이 대학교수의 연구를 지원하기 위하여 대학을 통하여 연구보조비를 지원
- 대학은 연구비를 건별로 중앙관리하며, 연구를 수행하는 교수에게는 연구활동비 명목으로 연구보조비 총액의 20％를
지급하는 경우
※ 자연계열에 대한 연구지원비의 경우 (과학재단)
연구교수에게는 연구활동비를 직접 지급하지 아니하나 연구보조원 등에 대한 연구수당중 교수에게 귀속되는 금액이
있는 경우 그 금액을 연구활동비로 봄.
- 대학교 → 대가관계가 없는 연구보조금으로 과세대상인 수익사업의 수입이 아님.
- 연구를 수행하는 교수 → 연구활동비(약 20％)가 과세대상 기타소득임.
- 연구보조원 → 고용관계유무에 따라 근로소득 또는 기타소득에 해당
※ 기업이 대학교에 개별적인 대가관계 없이 연구기부금을 지급하는 경우의 처리
- 사립대학교에 기부하는 경우 지정기부금으로 처리
- 국립대학교에 기부하는 경우 전액 손금산입 기부금으로 처리
⇒ 대학이 교수에게 연구를 수행케 하고 대가를 지급하는 경우
ㆍ 당해 교수의 연구가 대학의 고용관계와 직접 관련하여 이루어지는지 여부에 따라 근로소득 또는 기타소득으로
과세
Ⅳ. 교수등 개인에 대한 소득세 과세
교수등이 독립된 자격으로 연구용역을 제공하고 받는 대가는 그 재원이 어디에 있는 지에 관계없이 소득세
과세
1. 대학이 연구주체가 되어 연구비를 직접 관리하는 경우(중앙관리)
o 교수가 연구용역 제공의 대가로 받는 금액(고용관계에 따른 근로제공과 관련없이 외부에 제공하는
연구용역대가)
⇒ 연구활동비ㆍ연구수당 등 명칭여하에 불구하고 기타소득으로 과세
※ 교육부ㆍ학술진흥재단ㆍ과학재단 등에서 지원받는 연구비 포함.
o 연구목적의 고용관계 없는 연구보조원등이 받는 연구비
⇒ 연구소와 고용관계 없는 대학생 또는 다른 대학교ㆍ연구소 소속교수 등이 연구업무를 수행하고 받는 금액은
명칭여하에 불구하고 기타소득으로 과세
o 연구소에서 연구목적으로 고용한 연구원 등이 받는 인건비
⇒ 급여ㆍ수당ㆍ장학금 등 명칭여하에 불구하고 근로소득으로 과세
※ 지급자인 대학교의 원천징수 및 지급조서제출의무 있음.
※ 고용관계가 있는지 여부의 판단기준
- 업무에 대한 거부를 할 수 있는지, 시간적ㆍ장소적 제약을 받는지, 업무수행과정에서 구체적 지시를 받는지,
복무규정의 준수의무가 있는지에 따라 종합적으로 판단(소득46011-2004, 1996. 7. 12)
2. 교수등 개인이 연구주체가 되어 연구비를 관리하는 경우(개별관리)
□ 교수등이 받은 연구용역대가 총액을 사업소득으로 과세
가. 대학이 연구계약을 체결하고 대가를 수령한 경우
o 기업으로부터 받은 연구용역대가 총액에서 대학이 연구간접경비로 공제하고 교수에게 지급하는 금액이 “사업소득
수입금액”임.
나. 교수 개인이 연구계약을 체결하고 대가를 직접 수령한 경우
o 기업으로부터 받은 연구용역대가 총액이 “사업소득 수입금액”임.
o 당해 교수는 사업장 관할 세무서에 별도의 사업자 등록을 하고
- 장부의 비치ㆍ기장의무에 따라 기장한 내역과 증빙자료를 근거로 소득세를 신고ㆍ납부해야 하며
※ 기장없이 신고하는 경우 표준소득률에 의해 과세
- 계산서교부 및 매입매출처별합계표 제출의무가 있음. → 의무 불이행시 가산세가 부과됨.
※ 또한 교수의 사업은 교육공무원법등에 규정된 “영리업무 및 겸업 금지의무”의 위반 등 신분상의 문제가
발생함.
□ 교수등 연구소의 원천징수의무
연구소에서 직접 채용한 고용관계 있는 연구원ㆍ연구보조원 및 고용관계 없는 자에게 인건비, 연구보조비 등을 지급하는
경우
- 지급자인 교수 및 책임연구원에 대한 원천징수 및 지급조서제출의무 있음.
3. 소득구분별 과세방법
가. 기타소득 과세방법
연구용역 대가로 지급받은 금액에서 75％를 필요경비로 공제한 25％가 과세대상 기타소득 금액임.
- 소득을 지급하는 자는 지급액에서 75％를 필요경비로 공제한 소득금액의 20％를 기타소득세로 원천징수하여야
하며
- 교수등은 기타소득금액을 근로소득등 다른 소득과 합산하여 종합소득세 확정신고ㆍ납부의무가 있음.
※ 다만, 기타소득금액 합계액이 연간 300만원 이하인 경우 종합소득세 확정신고없이 원천징수 분리과세를 선택할 수
있음.
o 기타소득세 과세최저한
기타소득금액이 매건마다 1만원 이하인 경우 과세하지 아니함.
※ 기타소득으로 원천징수하는 연구비는
교수등이 강의등 대학교와 일상적인 고용관계 이외에 독립된 지위에서 연구용역을 제공하고 그 대가로 받는 금액임. →
연구활동비ㆍ연구수당ㆍ연구장학금 등 명칭여하에 불구함.
나. 사업소득세 과세방법
연구용역대가로 지급받은 금액의 합계액을 사업소득의 수입금액으로 보아 기장내역에 따라 과세(무기장시 표준소득률
적용)
- 소득을 지급하는 자는 필요경비 공제없이 지급총액의 3％를 원천징수하여야 하며
- 교수등은 위 “2”의 경우와 같이 소득세신고ㆍ납부의무가 있음.
〈임의단체로 보는 연구소의 원천징수 기납부세액의 처리〉
o 연구소가 1거주자에 해당하는 경우 → 당해 연구소의 종합소득세 신고시 기납부세액으로 공제
o 연구소가 공동사업자에 해당하는 경우 → 공동사업자가 소득분배 비율에 따라 종합소득세 신고시 기납부세액으로
공제받음.
다. 근로소득세 과세방법
소득을 지급하는 자의 원천징수 및 연말정산으로 납세의무가 종결됨.
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