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1. 질의내용 요약

□ 질의요지

학교법인이 평생교육시설 사용 토지 등 처분 시 수익사업해당여부 등

□ 사실관계

- 대학교을 경영하는 학교법인○○학원

- 1997.4월 서울소재 대지 및 건물을 평생교육사용시설 사용목적으로 매입

- 1997.4-2000.8월 까지 평생교육시설로 사용

- 2000.9월부터 현재까지 부동산 임대

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익

3. 「소득세법」 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. (2007. 2. 28. 단서개정)

1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)ㆍ조경수 식재 및 관리서비스업외의 농업

2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) (1999. 12. 31. 개정)

2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역 (2006. 2. 9. 개정)

3. 교육 서비스업 중 「유아교육법」에 따른 유치원ㆍ「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학을 경영하는 사업

4. 보건 및 사회복지사업 중 「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업

5.(5호 내지 11호 내용생략)

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)

③ (내용생략)

법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2006. 12. 30. 개정)

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것

나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다.

가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설)

나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

5. 「지방세법」 제182조 제2항의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 주거용건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설)

7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정)

1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설)

3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)

⑤ 제1항 및 제4항에서 “미등기 토지 등”이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정)

⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

나. 기질의 회신사례(예규, 심판, 판례 등)

○ 재 법인 46012-104,2002.05.27.

【제목】

평생교육법에 의한 학교부설 평생교육시설(전산정보교육원)에서 제공하는 교육서비스는 비영리법인의 수익사업에서 제외하는 ‘학교를 경영하는 사업’에 해당하지 않음

【질의】

고등교육법 제2조에서 규정된 전문대학이 평생교육법 제25조에 규정된 학교부설평생교육시설에 해당하는 전산정보교육원 등 대학의 부설기관에서 대학생 또는 대학생 외의 자에게 평생교육법 제2조에 규정된 교육용역을 제공하고 그 대가로 학습비와 정부지원금을 받는 사업이 법인세법시행령 제2조 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익사업의 범위에서 제외되는 “고등교육법에 의한 학교를 경영하는 사업”으로 보아 수익사업에서 제외할 수 있는 지에 대하여 질의함.

〈갑설〉 수익사업에 해당함.

（이유） 영 제2조 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익사업에서 제외되는 “학교를 경영하는 사업”이라 함은 교육서비스업 중 『고등교육법에 의한 교육과정』을 말하는 것으로 학교부설 평생교육시설로 운영하는 전산정보교육원은 고등교육법에 의한 교육과정에 해당하지 않으므로 수익사업에 해당됨.

〈을설〉 수익사업에 해당하지 않음.

（이유） 학교부설 평생교육시설에 제공하는 교육서비스업도 운영주체가 고등교육법에 의한 학교이므로 “학교를 경영하는 사업”에 해당하는 바, 수익사업에서 제외하여야 함.

【회신】

법인세법시행령 제2조 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익사업에서 제외되는 “학교를 경영하는 사업”이라 함은 교육서비스업 중 고등교육법에 의한 교육과정을 말하는 것이므로 귀 질의의 평생교육법에 의한 학교부설 평생교육시설(전산정보교육원)에서 제공하는 교육서비스는 이에 해당하지 아니하여 수익사업에 해당함.

○ 법인46012-3144,1996.11.12.

【제목】

처분일로부터 계속 중단없이 3년이상 고유목적사업 직접 사용한 고정자산의 처분수입이 비영리법인의 수익사업에 해당안됨

【질의】

1. "고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 말한다고 되어 있는 법인세법시행령 제2조 제2항과 관련하여 처분일 현재 3년이상 계속 고유목적사업에 사용한다는 의미는 취득시부터 처분일까지 통산하여 3년이상 고유목적사업에 사용하였음을 의미하는 것인지, 아니면 처분일 직전부터 소급하여 3년간 계속 사용하였을 것을 의미하는 것인지.

2. 비영리법인이 그 법인소유의 토지건물을 고유목적사업에 20년이상 직접 사용하여 오다가 그 건물 중 일부를 약 10여년간 임대수익사업으로 운영해 오고 나머지는 고유목적사업에 직접 사용하여 왔음.

그러던 중 1994. 7.에 임대수익사업을 폐지하고 수익사업에 공하던 고정자산을 그 후 약 1년간 고유목적사업에 직접 사용하던 중 새로운 건물을 취득하여 1995. 8.에 새 건물로 이사를 하였고, 1995. 9. (구)건물양도계약을 체결한 후 1996. 9.에 잔금완납 후 명도하였음.

이 경우 수익사업으로 사용하던 건물의 경우에 대하여 이 건물과 부속토지를 수익사업용 자산으로 보아 취득시기를 결정하는 것이 합당한 것인지, 아니면 양도일 직전 2년 중 1년간은 고유목적사업에 직접 사용하였고 또한 나머지 1년간은 사옥을 이전함으로 인하여 사용치 않아 수익이 전혀 발생치 않았으므로 수익사업용 자산이 아니므로 취득시기를 1991. 1. 1로 보는 것이 합당한 것인지.

3. 위 2호의 질의에서 임대용으로 사용된 적이 있던 고정자산이 처분된 경우 이를 수익사업용 자산으로 판단할 경우 고유목적사업지급준비금의 설정에 관한 질의임.

1995. 8.에 새로운 목적사업용 고정자산을 취득하고 이에 대한 대금지불은 1995. 9.에 (구)고정자산의 처분계약금과 1996. 1.과 9.에 중도금, 잔금을 받아 이것으로 지불하였음.

이 때 1996년에 (구)수익사업용 고정자산처분이익에 대하여 고유목적사업준비금을 설정할 경우, 새로운 목적사업용 고정자산 취득자금의 미지급분을 결제한 부분이 고유목적사업에 지출한 것으로 인정될 수 있는 것인지.

【회신】

1. 귀 질의 1, 2의 경우 법인세법시행령 제2조 제2항에 규정하는 "고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산"이라 함은 처분일 이전 3년이상 중단없이 당해 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산을 말하는 것이므로 귀 질의사례와 같이 양도시기가 1996. 9.인 부동산을 1994. 7.까지 수익사업(임대)에 사용한 경우에는 이에 해당되지 아니하는 것임.