가. 징계절차의 적법성 여부
 1) 징계시효의 완성여부에 대하여
    학교법인 원석학원 정관 제69조 제1항은 ‘일반직원의 징계는 사립학교 교원에게 적용하는 규정을 준용한다’고, 교원징계규정 제4조 제2항은 ‘징계의결의 요구는 징계사유가 발생한 날로부터 2년을 경과한 때에는 이를 행하지 못한다. 다만, 관계기관에서 조사 또는 수사 중인 사건의 징계 사유의 시효에 관하여는 국가기관의 규정에 준한다’고 규정하고 있으므로 위 각 규정에 의하면 이 사건 근로자에 대한 징계의결 요구는 징계사유가 발생한 날로부터 2년을 경과한 때에는 이를 행하지 못한다 할 것인 바, 위 규정은 근로자에 대한 징계사유가 발생하여 사용자가 일방적으로 근로자를 징계할 수 있었음에도 그 행사 여부를 확정하지 아니함으로써 근로자로 하여금 상당 기간 불안정한 지위에 있게 하는 것을 방지하고 아울러 사용자가 비교적 장기간에 걸쳐 징계권 행사를 게을리하여 근로자로서도 이제는 사용자가 징계권을 행사하지 않으리라는 기대를 갖게 된 상태에서 사용자가 새삼스럽게 징계권을 행사하는 것은 신의칙에도 반하는 것이 되므로 위 기간의 경과를 이유로 사용자의 징계권 행사에 제한을 가하려는 취지에서 둔 규정이라 할 것이다(대법원 1995. 3. 10. 선고 94다14650 판결 등 참조).
  그런데 이 사건 사용자가 징계사유로 삼고 있는 ① 기자재를 무단으로 폐기하여 학교 자산에 손실을 입힌 사실, ② 허위상정 및 관련 서류 조작 사실, ③ 자산관리대장의 임의 삭제(폐기) 사실 등은 이 사건 근로자가 행정지원처 관리팀장으로 근무한 2006. 6. 30. 이전에 발생한 것으로서 징계의결 요구일(2008. 12. 24)로부터 2년이 경과되어 이미 징계시효가 완성되었음에도 그 후에 징계를 행하였으므로 위 3건의 혐의사실을 징계사유로 삼은 것은 부당하다 할 것이다.
  2) 이사회 심의·의결 없이 징계를 요구할 수 있는지 여부에 대하여

    가) 학교법인 원석학원 정관 제69조 제1항은 일반직원의 징계는 사립학교 교원에게 적용하는 규정을 준용한다고, 같은 정관 제39조 제2항은 교원은 인사위원회의 심의를 거쳐 당해 학교의 장의 제청으로 이사회의 의결을 거쳐 이사장이 임면한다고 각 규정하고 있으며, 위 임면에는 징계로서 행하여지는 파면 ·해임도 포함된다 할 것이다.
    나) 따라서 이 사건 근로자를 해임하기 위해서는 교원의 임면 절차와 같이 이사회의 의결을 거쳐야 하는 것은 분명하다 할 것이나, 여기서 ‘임면은 이사회의 의결을 거쳐야 한다’는 의미가 징계의결을 요구할 때에 이사회의 심의·의결을 거쳐야 한다는 의미인지 여부에 대한 근거규정이 불명한 것이 문제라 할 것인데, 이에 대하여 대법원은 “구 사립학교법(1997. 1. 13. 법률 제5274호로 개정되기 전의 것)제2조 제1항과 제3조 제1호, 제16조 제1항 제5호와 제53조의2 제1항 제1호 및 제61조 제1항, 제2항과 제64조에 의하면, 사립대학 교원의 임면에 관한 사항은 학교법인 이사회의 심의·의결 사항인 것으로 규정되어 있지만, 파면·해임 등 징계에 관하여는 임면권자인 학교법인이 당해 교원징계위원회에 징계의결을 요구하여 그 결과에 따라 징계를 하여야 하는 것으로 규정되어 있을 뿐 그 징계의결의 요구에 학교법인 이사회의 심의·의결이 필요한지 여부가 명시적으로 규정되어 있지 아니하나, .....(중략)....., 그리고 같은법 제62조 제2항에서 징계위원회는 학교법인의 이사가 그 위원의 2분의 1을 초과할 수 없는 것으로 규정함으로써 학교법인의 이사회와는 그 구성을 달리하도록 규정하고 있는 점 및 국가공무원법 제32조와 공무원임용령 제2조 및 교육공무원법 제2조 제5항 등 관련 법령의 규정에서 ‘임면’ 또는 ‘임용’에는 징계로서 행하여지는 파면·해임도 포함되는 것으로 정의하고 있는 점 등에 비추어 보면, 사립학교법상 징계로서 행하여지는 파면 해임 역시 교원의 임면에 속하는 것으로서 그에 관한 징계의결의 요구에는 이사회의 심의·의결이 필요한 것으로 풀이 된다”라고 판시함으로써(대법원 2000. 10. 13. 선고 98두8858 판결 참조) 징계의결을 요구할 때에 이사회의 심의·의결이 필요하다는 것을 판례로써 확정하였으므로 이 사건 근로자에 대한 징계의결을 요구할 때에 이사회의 심의·의결을 거쳐야 할 것이다. 그럼에도 불구하고 이 사건 근로자에 대한 징계의결의 요구에 관하여 이사회의 심의·의결을 거치지 않았으므로 이 사건 징계절차는 위법하다 할 것이다(서울행정법원 2005. 2. 2. 선고 2004구합26826 판결 참조). 

  나. 징계사유의 정당성 여부
   전술한 바와 같이 징계시효 완성 후에 징계를 행한 위 3건의 징계사유에 대하여는 더 이상 살펴볼 필요가 없으므로 나머지 징계사유인 ‘부하 직원에게 허위사실 확인서 강요’ 혐의사실에 대하여 보면, 이 사건 근로자가 강요하여 신청 외 김병환이 2008. 12. 12. 작성하였다는 확인서와 이 사건 사용자가 요청하여 동인이 2008. 12. 19. 작성한 확인서를 비교해 보아도 양 확인서 내용이 비슷하여 무슨 내용을 강요하였다는 것인지 발견하기 어렵고, 설령 강요가 있었다 하더라도 확인서에 기재된 혐의사실이 징계시효가 이미 완성된 것이므로 확인서를 작성해 보았자 실익이 없는 점, 이 사건 사용자가 만약 징계권이 소멸한 혐의사실에 대하여 징계를 하려고 하지 않았다면 확인서 작성도 없었을 것이므로 이는 이 사건 사용자가 원인을 제공한 것으로 볼 수 있는 점, 이 사건 근로자가 징계대상자가 되어 궁지에 몰리는 상황에서 자신을 방어하기 위한 목적이었을 뿐 개인적 이득을 취한 사실이 없는 점, 그로 인하여 이 사건 사용자에게 손해를 입힌 사실이 없는 점, 이 사건 사용자의 위 주장이 사실이라 하더라도 그러한 행위가 이 사건 사용자가 징계 근거로 주장한 ‘성실의무 위반’ 에 해당된다고 할 수도 없는 점 등에 비추어 보아 위 혐의사실에 대한 징계사유의 정당성을 인정할 수 없다 할 것이다. 
  따라서 이 사건 징계해임은 징계절차상 중대한 흠결이 있을 뿐만 아니라 징계사유의 정당성도 인정할 수 없으므로 징계양정에 대하여는 더 이상 살펴볼 필요 없이 부당한 해고에 해당한다 할 것이다.