출처 : 국세법령정보시스템 _ 소득, 원천세과-682, 2009.08.12

1. 질의내용 요약

가. 질의요지

○ 연구집중교수제도 및 교원연구년제도에 따라 선발된 교수가 의무사항 불이행으로 급여를 반납한 경우 반납한 급여가 지급받은 근로소득의 감액에 해당하여 경정청구 가능한지 여부

나. 사실관계

○ ××대학교는 교수의 연구능력 강화를 위하여 ‘연구집중교수제도’ 및 ‘교원연구년제도’를 운영하고 있음

　 - 연구집중교수제도

　 정의 : 교수의 임무와 더불어 연구를 중점적으로 수행하는 교원

　 혜택 : 책임학점 강의 감면(연 15학점에서 9학점으로 감면)

　 의무 : 1편 이상의 논문을 국제저명학술지에 발표하고, 연구책임자로서 5,000만원 이상의 외부 연구과제를 수주

　 의무 미이행시 불이익 : 감면된 강의시간에 해당하는 급여 환수

　 - 교원연구년제도

　 정의 : 교원이 재직교원의 신분으로 보수 전액을 지급받고 오로지 학술연구 활동에만 전념할 수 있도록 일정기간 강의 등의 직무가 면제되는 제도로서 국내연구 및 국외연구로 구분

　 혜택 : 학술연구활동에 전념하도록 강의 등의 직무를 6개월 ～ 1년간 면제하고 보수전액 및 해외체제경비(국외연구의 경우)를 지급

　 의무 : 연구년 종료 후 연구년 기간의 3배수의 기간을 근무, 국외연구의 경우 연구년 기간의 연구실적을 국제저명학술지에 발표

　 의무 미이행시 불이익 : 의무근무기간 미이행시 연구년 기간의 급여 환수, 국외연구한 교수가 발표한 연구실적이 교수업적평가소위원회에서 인정받지 못한 경우 해외체제경비 환수

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관계법령

○ 소득세법 제20조【근로소득】

　① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

　 1. 갑 종

　　가. 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

　　나. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 의하여 상여로 받는 소득

　　다. 「법인세법」에 의하여 상여로 처분된 금액

　　라. 퇴직으로 인하여 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

○ 소득세법 제24조【총수입금액의 계산】

　① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

　② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

　③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제49조【근로소득의 수입시기】

　① 근로소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.

　 1. 급 여

　　근로를 제공한 날

　 2. 잉여금처분에 의한 상여

　　당해 법인의 잉여금처분결의일

　 3. 당해 사업연도의 소득금액을 법인이 신고하거나 세무서장이 결정ㆍ경정함에 있어서 발생한 그 법인의 임원 또는 주주ㆍ사원 기타 출자자에 대한 상여

　　당해 사업연도중의 근로를 제공한 날

　 4. 영 제38조 제1항 제13호에 규정하는 퇴직위로금ㆍ퇴직공로금 등

　　지급받거나 지급받기로 한 날

나. 관련사례

○ 법규과-616, 2009.05.26.( ⇒ 원천세과-454, 2009.05.27.)

기 질의회신사례(서면1팀-708, 2007.06.01.)를 참고하시기 바랍니다.

○ 법규과-2703, 2007.05.30.(⇒ 서면1팀-708, 2007.06.01.)

　귀 질의의 경우, 법인이 「근로기준법」의 개정으로 근로자의 연차보상일수가 감소함에 따라, 단체협약에 의해 향후 근로자별 예상재직기간(이하 ‘보상기간’이라 한다)에 해당하는 연차수당 감소액 중 일부를 보상금으로 지급하는 경우, 당해 보상금은 단체협약에 의해 개인별 지급액이 확정되는 날이 속하는 연도의 근로소득으로 보는 것이며, 이때 협약조건에 따라 보상기간 중 퇴직하는 근로자에 대한 기간미경과 보상금을 법인이 환수하는 경우, 당해 환수하는 금액은 당해 근로자가 퇴직하는 날이 속하는 연도의 근로소득에서 차감하는 것임

○ 법규과-1433, 2007.03.28.(⇒ 서면2팀-569, 2007.04.02.)

　법인이「근로기준법」의 개정으로 근로자의 연차보상일수가 감소함에 따라, 단체협약에 의해 향후 근로자별 예상 재직기간에 해당하는 연차수당 감소액 중 일부를 보상금으로 지급하되, 보상기간중에 퇴직하는 근로자에 대하여는 그 미경과분을 환수하기로 한 경우, 당해 보상금은 그 지급하는 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하고, 협약조건에 의하여 환수하는 금액은 그 사유가 발생하는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것임

○ 서이46012-11106, 2003.06.05.

귀 질의의 법인이 특별한 능력이 있는 자를 고용하기 위하여 일정한 조건(약정근로기간 미근무시 회수조건)을 부여하여 근로계약을 체결하면서 지급하는 금액은 계약에 의하여 그 지급업무가 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 하는 것이며, 당해 사용인이 의무근속기간을 불이행함에 따라 당초 근로계약시 지급한 금액을 회수하는 경우 동 회수금액은 그 회수조건이 확정되는 날이 속하는 사업연도의 익금으로 하는 것임

○ 법인46012-3156, 1998.10.28.

　법인이 상여금지급규정에 의하여 지급의무가 확정된 상여금을 지급하지 못하고 이를 당해 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니한 경우로서 그 후 사업연도에 동 미지급 상여금 중 일부를 삭감하기로 노사간에 합의한 경우에는 실지로 지급하기로 한 상여금을 지급의무가 확정된 사업연도의 손금에 산입하는 것이며, 이 경우 삭감후의 상여금을 기준으로 국세기본법 제45조의 2 규정에 의거 지급의무가 확정된 사업연도의 법인세 과세표준과 세액의 경정청구를 할 수 있고, 근로소득세 연말정산을 다시 할 수 있는 것임

○ 재소득46073-13, 1998.04.01.

노사간 합의에 의하여 급여를 자진반납하는 형식으로 일률적으로 급여를삭감하고 삭감 후의 급여액을 인건비로 회계처리하는 경우에는 삭감 후의 급여액을 기준으로 근로소득세를 원천징수하는 것임

○ 법인46013-103, 1998.01.14.

　귀 질의의 경우 원천징수의무자가 급여를 결산상 손비처리하고 근로소득을 지급한 후 근로자가 근로소득 중 일정액을 반납하는 경우에는 지급액 전액(반납전 급여)을 원천징수대상소득으로 하여 소득세법 제134조에 따라 원천징수 하여야 하는 것임