출처 : 국세청고객만족센터 _ 답변일자 : 2009-10-26



국고보조금의 부가세 과세 여부


질문

우리대학교 산학협력단은 비영리법인으로 과세사업과 면세사업을 영위하고 있는 겸업사업자입니다. 최근 정부기관으로부터 정부의 국제회의 개최를 대행하기 위하여 ‘민간경상보조금’을 수령하려고 합니다. 즉 산학협력단은 민간경상보조금 수령 후 국제회의 개최를 위한 행사를 준비하고 집행결과를 정부기관에 보고해야 합니다. 이 경우 정부로부터 수령하는 ‘민간경상보조금’은 세법상 보조금으로 인정될 수 있는 것인지요 

<갑설> 정부기관의 지출예산 비목이 민간경상보조금이므로 이를 수령하는 산학협력단도 보조금으로 세무처리한다. 즉 정부기관이 지급하는 자금의 명목이 보조금이냐 아니냐가 산학협력단이 세무적으로 보조금 처리를 해야할 지를 결정하는 기준이다.
보조금처리를 할 경우에 세금계산서, 계산서 등의 발행의무는 없다.

<을설> 정부가 민간경상보조금 명목으로 산학협력단에 지급하였다 하더라도 보조금 지급의 목적이 정부의 국제회의 개최를 대행하는 것이므로 실질적인 내용은 반대급부가 있는 용역제공이다. 즉 정부가 지급하는 자금의 명목이 아닌, 거래의 실질적인 내용으로 보조금인지 과세거래인지를 판단해야 한다. 과세거래에 해당할 경우에는 세금계산서를 발행해야 한다.

위 갑설과 을설 중 어떤 것이 타당하지 알려주시면 감사하겠습니다.




답변

(1) 부가가치세 과세표준에 포함하지 않는 공공보조금이란 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 공급받는 자로부터 그 대가를 받는 것이 아니라 국가나 지방자치단체로부터 보전받는 보조금을 말하는 것입니다.

사업자가 직접 정부를 공급받는 자로 하여 과세대상 용역을 제공한 경우에는 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 교부하여야 할 것이나,

국고보조금 교부대상이 되는 사업의 수행자로서 해당 행사를 수행하고 보조금을 지급받는 경우에 해당 보조금은 대행용역의 대가가 아닌 것입니다.

(2) 따라서 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금에 해당하는지의 여부는 보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자에 해당하는지 여부 및 사업수행에 대한 계약관계에 따라 판단하여야 할 것으로,

귀 질의의 경우 산학협력단이 관련법령에 의한 보조금 교부대상인 보조사업을 수행하고 정부로부터 보조금을 지급받는 경우에 동 보조금은 과세표준에 포함되지 아니함이 타당한 것으로 판단됩니다.

(서면3팀-592, 2008.03.21)

「부가가치세법」 제13조 제2항 제4호의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 하는 것으로서, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사업수행에 대한 계약관계, 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자에 해당하는지 등을 종합적으로 고려하여 판단할 사항임.